감사결과 처분요구서

- 부가가치세제 운영 및 개선실태 -

2008. 12.

감     사     원

목     차

Ⅰ. 감사실시 개요		1
1. 감사배경 및 목적		1
2. 감사범위 및 중점		1
3. 감사기간 및 인원		1
Ⅱ. 부가가치세 일반 현황		2
1. 부가가치세 개요		2
2. 부가가치세 납세의무자		3
3. 부가가치세 과세대상		5
4. 부가가치세 징수 실적		6
5. 최근 부가가치세제 개편 내용		7
Ⅲ. 감사결과		11
1. 세제정비 및 개선 분야		11
2. 세적 및 세원관리 분야		23
3. 환급 및 세무조사 분야		49
[별표]		79

표  목 차

[표 1] 유형별 사업자 수 (2007년 말 기준)	3

[표 2] 업종별 상위 10개 사업자 수 (2007년 말 기준)	4

[표 3] 연도별 신규 및 폐업 사업자 수 (과세사업자 기준)	4

[표 4] 영세율과 면세 비교	6

[표 5] 세목별 국세 징수 실적 (2007년)	6

[표 6] 개별관리대상자 선정 현황	9

[표 7] 고소득 자영업자 세무조사 실적	10

[표 8] 건축물 착공신고 자료 수집 현황	13

[표 9] 주류하치장 설치 승인 현황	16

[표 10] 일반과세자와 간이과세자 비교	24

[표 11] ｢간이과세배제기준｣ 적용대상 업종 현황	28

[표 12] 간이과세 배제 지역 현황	29

[표 13] 할인점 점포 중 지역기준 포함 현황	30

[표 14] 지역별 지역기준 적용 제외 대상 업종 및 사업장면적 기준	32

[표 15] 부동산중개업에 대한 지역기준 현황	33

[표 16] 사업장면적이 미입력된 사업자 현황	39

[표 17] 조기환급과 일반환급 비교	49

[표 18] 연도별 부가가치세 환급 실적	49

[표 19] 기재 착오에 따른 오류발생 현황	51

[표 20] 기납부세액 불부합자 미처리 현황	52

[표 21] 자료과다 불부합 사항 조사결과	53

[표 22] 신고과다 불부합 사항 조사결과	54

[표 23] 세금계산서 교부의무 등 위반에 대한 불이익	66

[표 24] 자료상 조사 및 고발 건수	66

그 림  목 차

[그림 1] 신용카드 사용 및 현금영수증 발급 실적 (2004～2007년)	7

[그림 2] 민간소비지출 중 신용카드․현금영수증 사용 비율	8

[그림 3] 금지금 부가가치세 매입자납부제도	9

[그림 4] 과세사업자 중 간이과세자 비중 추이	23

Ⅰ. 감사실시 개요

1. 감사배경 및 목적

부가가치세는 재화 및 용역의 공급시 공급자가 공급받는 자로부터 징수하여 납부하는 것으로서 국민 경제생활 전반에 영향을 미치는 중요한 세제일 뿐 아니라 징수실적이 2007년 국세청 소관 국세 수입 153조여 원의 26.7%인 40조여 원에 이르는 등 비중이 가장 높은 세목이다.

기획재정부와 국세청에서는 그동안 전자신고제도, 현금영수증제도 등을 도입하는 등으로 신고율을 높이고 세원투명성도 지속적으로 향상시켜왔다.

그런데 행정환경 변화에도 불구하고 부가가치세제를 정비하지 않아 납세자가 불편을 겪거나 조세행정의 효율성이 떨어지는 등의 문제점과 부가가치세를 부당하게 환급해주어 국고 손실을 초래하거나 사실과 다른 세금계산서를 수수함으로써 거래질서를 어지럽히는 행위에 대한 미온적 처리 등 일부 세제 운영상의 문제점이 발견되었다.

이에 따라 부가가치세제를 변화된 환경에 부합하는 방향으로 정비하고, 환급업무나 자료상에 대한 세무조사 등 집행상의 문제점을 시정․개선하고자 이번 감사를 실시하였다.

2. 감사범위 및 중점

납세자 편의 및 행정의 효율성을 저해하는 불합리한 제도는 없는지, 세제 운영의 기본인 세적 및 세원관리는 제대로 되고 있는지 여부와 환급 업무 및 세무조사 업무에 대한 처리는 적정한지 여부 등에 중점을 두고 2006. 1. 1.부터 2008. 6. 30.까지 국세청이 수행한 부가가치세 관련 업무에 대하여 감사를 실시하였다.

3. 감사기간 및 인원

2008. 8. 25.부터 같은 해 8. 29.까지 5일간 예비조사를 거쳐 같은 해 9. 17.부터 10. 8.까지 15일간 15명의 감사인력을 투입하여 실지감사를 한 후 2008.  12. 26. 감사위원회의의 의결로 감사결과를 최종 확정하였다.

Ⅱ. 부가가치세 일반 현황

1. 부가가치세 개요

가. 부가가치세 개념

부가가치세란 재화나 용역이 생산․제공되거나 유통되는 모든 단계에서 창출되는 부가가치에 대하여 부과되는 세금을 말한다.

부가가치세의 과세대상인 부가가치의 산출과 납부세액의 계산방법은 가산법과 공제법의 2가지가 있고, 공제법은 다시 전단계거래액공제법과 전단계세액공제법으로 나누어진다.

우리나라를 포함한 거의 모든 나라에서 전단계세액공제법을 채택하고 있는데, 이는 일정 기간 중 각 기업의 매출액 전체에 대하여 세율(우리나라의 경우 10%)을 적용하여 계산한 세액(매출세액)에서 매입시에 거래징수당한 세액(매입세액)을 공제한 금액을 납부세액으로 계산하는 방법이다.

이 방법에 따르면 각 거래시마다 세금계산서를 수수해야 하는 불편이 있으나 세액 계산이 간편하고, 거래자료가 양성화되는 등의 장점이 있다.

나. 우리나라의 도입 경위

1970년대 수출 진흥에 의한 경제성장을 도모하는 과정에서 11개 세목으로 구성된 기존의 복잡한 간접세 체계는 납세협력비용과 세무행정비용이 과다하게 소요되어 국제경쟁력을 저해하고, 누적과세 등으로 기업에 원가압박 요인이 되는 등의 문제점이 제기되었다.

이에 따라 1977. 7. 1.부터 ｢부가가치세법｣을 새로이 시행하여 기존의 간접국세 중 영업세, 물품세 등 8개 세목을 부가가치세와 특별소비세(현재의 개별소비세)의 2개 세목으로 통합하고 세율과 납세절차를 대폭 간소화하였다.

영업세, 물품세, 직물류세, 통행세, 입장세, 전기가스세, 석유류세, 유흥음식세

2. 부가가치세 납세의무자

국세기본법상 납세의무자란 세법에 의하여 국세를 납부할 의무가 있는 자를 말하는데, 세부담이 최종소비자에게 전가되는 간접세인 부가가치세에 있어서는 영리목적의 유무에 불구하고 사업상 독립적으로 재화 또는 용역을 공급하는 자가 납세의무자(｢부가가치세법｣ 제2조 제1항)가 되고, 부가가치세를 실제로 부담하는 최종소비자는 담세자(擔稅者)에 해당한다.

이에 따라 부가가치세 업무의 효율적 운영을 위하여 부가가치세가 과세되는 사업을 하는 사업자는 사업장마다 사업자의 인적사항, 사업사실 등 사업에 관한 일련의 내용을 기재하여 세무관서에 사업자등록을 하도록 하고, 사업장마다 부가가치세를 신고․납부하도록 하고 있다.(｢부가가치세법｣ 제4조 및 제5조)

다만, ‘주사업장 총괄납부’ 및 ‘사업자단위과세’ 제도를 두어 2개 이상의 사업장이 있는 사업자가 관할 세무서장의 승인을 얻어 각 사업장의 납부세액 및 환급세액을 통산하여 주된 사업장에서 총괄하여 납부하거나, 물류흐름 및 재고 관리 전산시스템을 갖춘 경우에는 당해 사업자의 본점 또는 주사무소에서 총괄하여 신고․납부할 수 있도록 함으로써 납세 편의를 고려하고 있다.

2007년 말 기준 부가가치세 과세사업자는 460만여 명이고, 그 중 법인사업자는 45만여 명, 개인사업자 중 일반과세자는 238만여 명, 간이과세자는 175만여 명이다.

[표 1] 유형별 사업자 수 (2007년 말 기준)

(단위 : 명)

합계	법인	개인
		일반	간이
4,601,534	456,019	2,385,687	1,759,828

자료 : 국세청

이를 업종별로 구분해보면, [표 2]와 같이 부동산임대 등 부동산업자가 104만여 명(22.6%)으로 가장 많고, 소매업자 62만여 명(13.6%), 음식업자 61만여 명(13.3%), 운송업자 45만여 명(9.8%) 등의 순서로 사업자 수가 많다.

[표 2] 업종별 상위 10개 사업자 수 (2007년 말 기준)

(단위 : 명)

순번	구분	합계	법인	개인
				일반	간이
1	부동산업	1,041,995	35,952	489,153	516,890
2	소매업	627,625	13,465	288,337	325,823
3	음식점업	613,943	7,849	225,568	380,526
4	운송업	454,206	10,025	198,513	245,668
5	도매 및 상품중개업	441,534	89,083	350,086	2,365
6	건설업	309,912	76,672	230,715	2,525
7	오락·문화·운동관련 산업 및 수리업	163,825	7,581	66,840	89,404
8	기타 서비스업	132,900	2,821	27,269	102,810
9	광고업 및 기타 산업관련 서비스업	121,733	21,791	83,954	15,988
10	기타기계 및 장비 제조업	67,284	14,103	53,148	33

자료 : 국세청

사업자 수 증감 현황을 보면 [표 3]과 같이 2007년에 새로이 사업을 개시한 자는 103만여 명, 폐업을 한 자는 80만여 명으로서 22만여 명이 증가하였다.

[표 3] 연도별 신규 및 폐업 사업자 수 (과세사업자 기준)

(단위 : 명)

구 분	2003년	2004년	2005년	2006년	2007년
신규사업자	1,006,779	884,932	880,716	906,274	1,032,999
폐업사업자	857,033	964,931	795,755	706,194	808,681
순증	149,746	△79,699	84,961	200,080	224,318

자료 : 국세청

3. 부가가치세 과세 대상

부가가치세는 재화 및 용역의 공급, 재화의 수입에 대하여 과세된다.

그러나 정책적 목적으로 부가가치세 부담을 면제시키는 경우가 있는데 ‘영세율’과 ‘면세’의 경우가 이에 해당한다.

부가가치세의 영세율이란 재화와 용역의 공급에 대하여 ‘0’의 세율을 적용하여 부가가치세 부담을 완전히 면제하는 제도를 말한다.

영세율이 적용되는 경우 재화와 용역의 공급을 일단 과세대상에는 포함시키되 ‘0’의 세율을 적용하므로 매출세액은 발생하지 않는 반면, 자신이 재화와 용역을 구입할 때 거래징수당한 부가가치세는 매입세액으로 전액 환급받게 되어 부가가치세의 부담이 없게 된다.

이처럼 영세율이 적용되는 경우에는 당해 거래단계에서 창출한 부가가치 뿐만 아니라 그 이전 거래단계에서 창출한 부가가치에 대하여도 과세되지 아니하여 부가가치세 부담이 전혀 없게 되므로 이를 ‘완전면세제도’라고 한다.

영세율 제도는 수출국과 수입국에서 각각 부가가치세를 과세함에 따라 발생하는 이중과세의 문제를 방지하고, 수출산업의 지원․육성 등 목적으로 시행되고 있다.

반면, 면세란 특정한 재화 및 용역의 공급과 재화의 수입에 대한 부가가치세의 부담을 면제하는 것을 말하는데, 면세사업자가 거래징수당한 부가가치세(매입세액)는 매출세액에서 공제되거나 환급되지 않기 때문에 매입시 부담한 부가가치세는 당해 거래의 원가에 가산되어 거래 상대방에게 전가되게 된다.

따라서 이를 ‘불완전면세(부분면세)제도’라고 한다.

이러한 면세제도를 둔 이유는 재화나 용역을 구입하여 소비하는 최종 소비자의 세부담을 줄여 세부담의 역진성을 완화하기 위한 것이므로, 면세 대상을 주로 기초 생필품 또는 국민 후생용역 등(예 : 농산물, 수돗물, 대중교통용역, 의료․보건용역, 교육용역 등)에 국한하고 있다.

[표 4] 영세율과 면세 비교

구 분		영 세 율	면 세
｢부가가치세법｣상 의무	사업자등록	있음(○)	없음(×)
	세금계산서 교부	있음(○)	없음(×)
	신고․납부	있음(○)	없음(×)
	매출처별세금계산서합계표 제출	있음(○)	없음(×)
	매입처별세금계산서합계표 제출	있음(○)	있음(○)
거래징수	매출시	부가가치세가 0(영)이므로 거래징수할 세액은 없음	거래징수의무 없음
	매입시	거래징수당함(신고시 전액 환급됨)	거래징수당함(환급되지 않으므로 부대비용 처리함)

4. 부가가치세 징수 실적

2007년에 징수된 부가가치세는 40조여 원으로서 여러 세목 중 가장 규모가 크고, 국세청 소관 국세 수입 153조여 원의 26.7%를 차지한다.

부가가치세 다음으로는 소득세가 38조여 원으로 국세 수입의 25.4%, 법인세가 35조여 원으로 23.1%, 교통에너지환경세가 11조여 원으로 7.5%를 차지하고 있다.

[표 5] 세목별 국세 징수 실적 (2007년)

(단위 : 억 원, %)

세목	금액	비중	세목	금액	비중
부가가치세	409,419	26.7	주세	22,623	1.5
법인세	354,173	23.1	증권거래세	34,688	2.3
소득세	388,560	25.4	교통에너지환경세	114,635	7.5
상속세, 증여세	28,419	1.9	종합부동산세	24,143	1.6
특별소비세	51,611	3.4	기타	102,357	6.6
금액 계 : 1,530,628

자료 : 국세청

5. 최근 부가가치세제 개편 내용

가. 현금영수증제도 도입

우리나라는 현금거래가 많아 거래사실을 추적하기가 어려워 세원관리가 곤란한 문제가 있었다.

이에 따라 2005년에 소비자가 재화나 용역을 현금으로 구입하고 현금영수증을 발급받으면 현금결제내용이 국세청에 통보되어 거래실적이 파악되도록 하는 현금영수증제도를 세계 최초로 도입하였다.

또한, 현금영수증 사용 확대를 위해 연 수입 2,400만 원 미만의 개인사업자를 제외한 소비자 상대 업종에 대해서는 현금영수증 가맹점 가입을 의무화하고, 현금영수증 가맹점에 대하여는 현금영수증 발급금액의 1%만큼 부가가치세 세액공제 혜택을 부여하며, 소비자에게는 실적에 따라 소득공제 혜택 및 복권당첨 기회를 부여하고 있다.

이러한 노력으로 시행 3년만인 2007년에는 현금영수증 발급 건수가 15억 건, 금액은 50조 원에 달하는 등 동 제도가 빠르게 정착되고 있다.

이와 더불어 신용카드 사용액 소득공제 등 신용카드 사용 활성화대책도 계속 병행하는 등으로 세원투명성이 크게 향상되었다.

[그림 1] 신용카드 사용 및 현금영수증 발급 실적 (2004～2007년)

(단위 : 조 원)

신용카드 사용액	현금영수증 발급액

자료 : 국세청

그 결과 민간소비지출 중 신용(직불)카드․현금영수증에 의해 자동 노출되는 비율이 2004년 42.3%에서 2007년 63.7%로 대폭 향상되는 등 큰 효과가 있었다.

[그림 2] 민간소비지출 중 신용카드․현금영수증 사용 비율

자료 : 국세청

나. 금지금 부가가치세 매입자납부제도 도입

금지금(金地金)이란 금괴(덩어리)ㆍ골드바 등 원재료 상태인 것으로서 순도 99.5% 이상인 금을 말하고, 지금(地金)이라고도 함.

금지금사업자가 무자료로 매입한 금지금을 과세로 매출하는 과정에서 매입자로부터 거래징수한 부가가치세를 납부하지 않고 폐업하고, 매입자는 부가가치세를 공제받는 방식의 부가가치세 포탈 사례가 끊이지 않고 있었다.

이에 따라 금지금을 이용한 부가가치세 탈세를 근원적으로 차단하기 위해 금지금사업자간의 금지금 거래시에는, 매출자가 매입자로부터 부가가치세를 거래징수하지 아니하고, 매입자가 직접 지정 금융기관을 통하여 세무서에 납부하도록 하는 ‘금지금 부가가치세 매입자납부제도’를 도입하여 2008. 7. 1.부터 시행하고 있다.(｢조세특례제한법｣ 제106조의4)

2003년부터 2007년 사이에 금지금을 이용한 탈세 조사실적(212건, 탈세금액 약 1조 7,742억 원)을 감안할 때 동 제도 시행으로 연간 수 천억 원의 부가가치세 절취를 예방하는 효과가 있을 것으로 전망된다.

[그림 3] 금지금 부가가치세 매입자납부제도

다. 고소득 자영업자 과세 정상화 추진

많은 소득을 올리면서도 교묘히 탈세하는 일부 사업자들로 말미암아 사회 전반의 형평성이 저해되는 등 문제점이 계속 제기됨에 따라 국세청에서는 2005년 12월부터 고소득 자영업자 과세정상화를 반드시 해결해야 할 중점 과제로 선정하여 강력하게 업무를 추진하고 있다.

이에 따라 전문직 종사자, 유흥업소 등 취약 업종 사업자의 신고내용, 개별 세원정보, 주요 탈루유형 등을 종합 분석하여 개별관리대상자를 선정하고, 이들에 대해서는 성실신고를 안내한 후 신고 결과 불성실혐의자에 대하여는 조사대상으로 선정하고 있다.

[표 6] 개별관리대상자 선정현황

(단위 : 명)

합 계	전문직	음식․숙박	유흥업소	기 타
16,726	404	6,875	861	8,586

자료 : 국세청

그동안 7차례에 걸쳐 전문직 사업자, 유흥업소, 스포츠센터, 웨딩홀 등 세금탈루혐의가 큰 고소득 자영업자 2,188명을 선별하여 세무조사를 실시한 결과 1조 1,708억여 원의 세금을 추징하는 등 성과를 거두었다.

[표 7] 고소득 자영업자 세무조사 실적

(단위 : 명, 억 원)

구 분	계	1차	2차	3차	4차	5차	6차	7차
대상인원	2,188	422	319	362	312	315	259	199
추징세액	11,708	1,094	1,065	2,454	2,096	2,147	1,581	1,271

자료 : 국세청

그 외에도 자영업자의 세원투명성 제고를 위해 부당한 신고위반에 대한 가산세 중과, 전문직 사업자 수입금액미제출가산세 부과, 매입자발행세금계산서 제도 도입 등 노력을 기울이고 있다.

라. 불성실 신고에 대한 가산세율 인상

부가가치세 신고불성실 가산세는 10%로 타 세목에 비하여 낮은 수준이며, 단순한 실수 등에 의한 불성실 신고와 고의적 불성실 신고에 대하여 동일한 가산세가 부과되고 있어 성실신고를 유도하는 데 미흡한 점이 있었다.

또한, 세금계산서 불성실 가산세 역시 관련 공급가액의 1% 수준으로 사실과 다른 세금계산서 수수행위를 억제하기에는 낮은 수준이었다.

이에 따라 2007년부터 신고불성실 가산세를 20%로 인상하고, 고의적 불성실신고의 경우에는 가산세를 40%로 중과함으로써 탈세의 기회비용을 대폭 높였으며, 가공세금계산서 발행 및 수취에 대한 가산세를 2%로 인상하였다.

‘가공세금계산서’란 재화나 용역을 공급하지 아니하고 발행한 세금계산서를 말함. 비슷한 개념으로 ‘위장세금계산서’가 있는데, 이는 재화나 용역의 공급이 있으나 공급가액을 부풀리는 등 방법으로 실제 거래 내용과는 다르게 발행한 세금계산서를 말함.

Ⅲ. 감사결과

1		세제정비 및 개선 분야

【 실태 】

국세청에서는 납세자가 편리하게 부가가치세 관련 신고를 할 수 있도록 전자신고시스템을 개선하는 등 납세협력비용 축소를 위해 꾸준히 노력하고 있다.

예를 들어, 매출만 있고 공제가 없는 간이과세자의 전자신고 메뉴를 별도 신설하여 영세 간이과세자의 전자신고편의를 제고(기존 6단계 작성절차를 2단계로 축소)하였고, 부동산임대사업자의 경우 직전 기에 신고한 임대내역을 제공하여 변경사항만 수정할 수 있도록 개선함으로써 사업자가 부동산임대공급가액명세서를 매 신고시마다 작성해야 하는 부담을 대폭 축소시켜주었다.

아울러, 기한 후 신고자의 경우 무납부가산세를 자동으로 계산해주는 서비스를 제공하여 세무서 방문이나 전화문의 등에 따른 납세협력비용을 축소시켜주고 있다.

그 외에도 예전에는 납부의무가 면제되는 영세사업자가 법령을 잘 알지 못하는 등 사유로 부가가치세를 잘못 납부한 경우 경정청구 절차를 거쳐 환급받는 등 절차가 번거로웠으나 구 재정경제부에 ｢부가가치세법｣ 개정을 건의하여 2007년부터는 경정청구 절차 없이 세무서장이 직권으로 일괄 환급해줄 수 있는 근거가 마련되도록 하였고, 사업자등록 발급기간을 당초 7일에서 3일 이내로 변경하여 창업자에게 편의를 제공하고자 노력하고 있다.

이러한 노력에 따라 2008년 1기 확정 부가가치세 신고시 신고인원이 474만여 명으로 전년 동기 대비 37만여 명이 증가하였고, 신고비율도 96.9%로 전년 동기 91.9%보다 5.0%p 증가하였으며, 전자신고비율은 75.1%로 전년 동기 73.7%보다 1.4%p 증가하는 등 부가가치세 신고실적이 매년 개선되고 있다.

【 문제점 】

□-(1). 건축물 착공신고 자료 수집 부적정

건축물 착공신고 자료를 국토해양부로부터 전산으로 일괄 제출받지 아니하고 각 지방자치단체로부터 개별 제출받아 전산입력함에 따라 행정력 낭비

국세청에서 각 지방자치단체로부터 개별적으로 ‘건축물 착공신고 자료’를 수집하고 있어 2003. 11. 26. 감사원에서 구 건설교통부의 ‘건축행정정보 시스템’에 입력된 전산자료를 일괄 제출받아 활용하는 방안을 마련하도록 통보함에 따라 구 재정경제부에서 같은 해 12. 30. ‘건축물 착공신고 자료’의 제출기관에 구 건설교통부를 추가하는 것으로 ｢과세자료의 제출 및 관리에 관한 법률 시행령｣ 제3조 [별표]의 규정을 개정하였다.

이에 따라 국세청에서도 2004. 1. 1. ‘건축물 착공신고 자료’의 제출기관에 구 건설교통부를 추가하는 한편, 구 건설교통부가 일괄하여 자료를 제출하는 경우 각 지방자치단체는 자료제출을 생략하도록 ｢과세자료 관리규정｣(2007. 9. 1. 국세청훈령 제1666호) 제2조 [별표 1] 및 제5조 [별표 2]의 규정을 개정하였다.

한편, ｢과세자료 관리규정｣(2007. 9. 1. 국세청훈령 제1666호) 제5조 및 제13조의 규정에 따르면 법령 등의 개정으로 추가로 편입된 과세자료 제출대상기관에 대하여는 당해 과세자료의 제출 안내문 등을 발송하여 자료제출 지연 및 누락 등을 방지하고 과세자료를 제출하지 않은 기관에 대하여는 문서에 의해 추가로 자료제출을 요구하도록 되어 있다.

따라서 국세청에서는 구 건설교통부에 ‘건축행정정보 시스템’에 입력된 ‘건축물 착공신고 자료’를 일괄 제출하도록 안내문을 발송하는 등 문서로 자료제출을 요청하는 한편, 각 지방자치단체에 대하여는 ‘건축물 착공신고 자료’를 개별적으로 제출하지 않도록 조치하여야 했다.

그런데도 국세청에서 2008. 10. 8. 현재까지 국토해양부에 ‘건축물 착공신고 자료’에 대한 제출 안내 및 요청을 하지 않은 채 계속하여 각 지방자치단체로부터 ‘건축물 착공신고 자료’를 개별적으로 제출받아 전산입력을 하고 있다.

2008. 2. 29. ｢정부조직법｣ 개정에 따라 건설교통부가 국토해양부로 명칭이 변경됨

그 결과 아래 [표 8]과 같이 국세청에서 2004. 1. 1.부터 2007. 12. 31.까지 국토해양부의 ‘건축행정 시스템’에 구축되어 있는 ‘건축물 착공신고 자료’ 계 410,609건(도급금액 계 221조 9천억여 원) 가운데 31.6% 상당인 129,646건만을 각 지방자치단체로부터 과세자료로 수집하여 전산입력함으로써 나머지 280,963건이 과세자료 생성 대상에서 누락되어 과세자료로 제대로 활용되지 못하고 있는 것은 물론이고 각 지방자치단체로부터 개별적으로 ‘건축물 착공신고 자료’를 제출받아 전산입력하는 데 따른 행정력을 낭비하고 있다.

건축 허가부터 착공 및 사용 승인에 이르는 건축행정업무의 처리과정에서 축적되는 정보를 건축행정 표준프로그램인 ‘건축행정정보 시스템’에 축적시켜 건축물 착공신고 등에 대한 전산자료 구축이 가능하도록 하였고, 2004년도부터 민원인이 인터넷을 통해 직접 신고 및 진행상황 조회를 할 수 있도록 하는 등 기존의 ‘건축행정정보 시스템’을 개선한 ‘건축행정 시스템’을 구축하여 각 지방자치단체에 보급

2004년도부터 2006년도까지 건축설계업자 등의 성실신고 검증 과세자료로 계 82건(173억여 원)만을 생성하여 활용

[표 8] 건축물 착공신고 자료 수집 현황

(단위 : 건, 억 원)

연도 구분		계	2004년	2005년	2006년	2007년
수집자료 건수	국토해양부 관리자료(a)	410,609	93,036	83,553	103,508	130,512
	국세청 수집자료(b)	129,646	25,119	24,738	29,801	49,988
	비율(b/a)	31.6%	26.9%	29.6%	28.7%	38.3%
수집자료 금액	국토해양부 관리자료	2,219,113	267,658	496,227	677,755	777,473
	국세청 수집자료	6,857,715	6,562,594주)	146,590	12,204	136,327

주 : 전주세무서에서 전라북도 전주시 완산구 태평동 3-3 소재 건축물 착공 신고와 관련된 공사금액 4억 5천만 원을 7조 7천억여 원으로 잘못 입력하는 등의 오류금액 포함.

자료 : 국세청

< 조치할 사항 >

국세청장은

① 앞으로 ‘건축물 착공신고 자료’는 국토해양부의 ‘건축행정 시스템’에 입력된 전산자료를 일괄하여 제출받는 방안을 강구하고

② 구 건설교통부로부터 ‘건축물 착공신고 자료’를 일괄 제출받는 등의 조치를 하지 않은 관련자에게는 주의를 촉구(다른 기관으로 옮긴 관련자에 대하여는 현 소속 기관장에게 주의를 촉구하도록 통보)하시기 바랍니다.(주의)

□-(2). 주류하치장 설치 승인 및 신고 관련 규정 불합리

주류사업자가 ｢주세사무처리규정｣에 따라 주류하치장 설치 승인을 받고 별도로 ｢부가가치세법 시행령｣에 따라 주류하치장 설치 신고도 하도록 되어 있어 납세자 불편 초래

기획재정부에서 ｢부가가치세법｣ 제4조와 같은 법 시행령 제4조 제2항 및 같은 법 시행규칙 제1조의3의 규정에 사업자가 재화의 보관․관리를 위하여 하치장을 설치한 때에는 당해 하치장을 둔 날로부터 10일 내에 하치장 설치 신고를 하도록 규정하고 있다.

하치장은 ｢부가가치세법｣ 제4조 및 제5조의 규정에 따라 사업자등록을 한 후 부가가치세를 신고․납부하여야 하는 사업장이 아니므로 사업장 관할 세무서에서 ‘하치장설치신고서’를 접수한 후 사업장별 하치장을 전산으로 조회하여 업무에 활용할 수 있도록 별도로 전산입력하여 관리

한편, 국세청에서는 주류도매업자 및 주류중개업자가 주류하치장을 설치할 경우에는 ｢주세법｣ 제51조, 같은 법 시행령 제64조, ｢주세사무처리규정｣(2008. 7. 1. 국세청훈령 제1692호) 제17조 제2항 및 제3항의 규정에 따라 관할 세무서장의 사전 승인을 받도록 하고 있다.

그런데 위 ｢주세사무처리규정｣ 제17조 제2항 등의 규정에 따른 ‘주류하치장 설치 승인 신청서’의 기재내용과 ｢부가가치세법 시행규칙｣ 제1조의3의 규정에 따른 ‘하치장 설치 신고서’의 기재내용을 보면 상호, 대표자명, 사업자등록번호, 하치장 소재지 등 주요 항목이 비슷하므로 주류하치장 설치를 승인한 세무서에서 승인내역을 전산에 입력하여 하치장 설치 신고내역과 통합 전산관리하면 사업장 관할 세무서에서 부가가치세 및 주세 관련 업무에 각각 조회 및 활용이 가능하기 때문에 주류하치장 설치 승인 후 사후에 별도로 주류하치장 설치 신고를 받을 필요가 없다.

사업자등록번호 및 하치장 소재지 등 주류하치장 설치 승인 내용과 신고 내용이 같아 전산상 통합 관리 가능

따라서 주류도매업자 및 주류중개업자가 주류하치장 설치 승인을 받은 경우에는 별도로 같은 내용의 주류하치장 설치 신고를 하지 않아도 되도록 하여 위 사업자들이 주류하치장 설치 승인 신청 및 신고를 각각 하는 불편이 없도록 하는 것이 바람직하다.

그런데도 기획재정부에서는 주류판매업자 및 주류중개업자로 하여금 주류하치장 설치시 관할 세무서장의 사전 승인을 받은 후 ｢부가가치세법｣ 제4조 등의 규정에 따라 하치장 설치 신고를 다시 하도록 하고 있다.

그 결과 북부산세무서에서 2008. 7. 9. 서울특별시 서초구에 있는 주식회사 ○○○○○○○(대표이사 ○○)로부터 부산광역시 사상구에 있는 건물(면적 600㎡)을 주류하치장으로 사용하기 위한 ‘주류하치장 설치 승인 신청서’를 제출받아 승인하고도 같은 해 7. 14. ｢부가가치세법｣ 제4조 등의 규정에 따라 동일한 내용의 ‘하치장 설치 신고서’를 별도로 제출받는 등 이천세무서 외 29개 세무서에서 [표 9]와 같이 매년 주류도매업자 및 주류중개업자로 하여금 주류하치장 설치 승인을 받은 후 별도로 ｢부가가치세법｣에 따른 하치장 설치 신고를 하도록 하고 있어 사업자들에게 불편을 주고 있다.

[표 9] 주류하치장 설치 승인 현황

(단위 : 건)

지방청 연도	계	서울	중부	대전	광주	대구	부산
계	128	12	97	1	4	5	9
2006년	34	3	27	0	3	0	1
2007년	38	3	28	0	0	1	6
2008년 1월 ～ 9월	56	6	42	1	1	4	2

자료 : 국세청

< 조치할 사항 >

기획재정부장관은 부가가치세법령 등 관련 규정을 개정하여 주류도매업자 및 주류중개업자가 주류하치장 설치 승인을 받은 경우에는 별도로 같은 내용의 주류하치장 설치 신고를 하지 않아도 되도록 하는 방안을 강구하시기 바랍니다.(통보)

□-(3). 매입자발행 세금계산서 인정 기준 불합리

매입자발행 세금계산서 발행 신청기한을 15일로 매우 짧게 규정하고 있어 매입자가 신청기한을 넘겨 이용하지 못하는 등 제도의 실효성을 거두기 곤란

기획재정부에서 사업자가 재화 또는 용역을 공급하고 세금계산서를 교부하지 아니한 경우 그 재화 또는 용역을 공급받은 자가 관할 세무서장의 확인을 받아 세금계산서를 발행할 수 있는 매입자발행세금계산서 제도를 ｢조세특례제한법｣ 제126조의4에 규정하여 운영하면서 같은 법 시행령 제121조의4 제2항에 매입자발행세금계산서를 발행하려는 자는 재화 또는 용역의 거래시기부터 15일 이내에 관할 세무서장에게 거래사실의 확인을 신청하도록 신청기한을 규정하여 운영하고 있다.

위 매입자발행세금계산서 제도의 도입 목적은 경제적으로 우월한 지위에 있는 재화 또는 용역의 공급자가 과세표준이 노출되는 것을 피하기 위해 세금계산서 발급을 거부하는 사례를 방지함과 아울러 세금계산서를 교부받지 못한 소매업자 등이 과도한 세부담을 회피하기 위하여 허위 세금계산서를 교부받는 것을 방지하기 위한 것이다.

따라서 매입자발행세금계산서 신청기한을 규정할 때에는 실무상 세금계산서 발행이 주로 월말이나 3개월 단위로 이루어지는 점을 감안하여 세금계산서를 교부받지 못한 매입자가 매입자발행세금계산서를 원활히 발행할 수 있도록 신청기한을 합리적으로 규정하는 것이 바람직하다.

그런데 위 관서에서는 2007. 7. 1.부터 매입자발행세금계산서 제도를 운영하면서 신청기한을 거래시기부터 15일 이내로 제한하여 규정하고 있다.

｢조세특례제한법 시행령｣ 제121조의5 제2항에 규정되어 있는 현금영수증 인정 신고기한의 경우 거래일로부터 현행 15일에서 30일로 확대 예정(기획재정부, ｢2008년 세제개편(안)｣, 2008. 9. 1.)

이에 따라 이번 감사시 2007. 7. 1.부터 2008. 9. 30. 현재까지 매입자발행세금계산서 발행 신청 및 처리 실태를 확인한 결과, 국세청 관하 107개 세무서 중 36개 세무서에만 총 55건이 신청(처리 50건, 미처리 5건)되었고 신청이 접수된 세무서의 경우에도 현재까지 신청건수가 1건 또는 2건에 불과하였는데, 이는 세금계산서를 교부받지 못한 매입자가 매입자발행세금계산서 발행을 관할 세무서장에게 신청하기 전에 신청요건 해당여부를 우선 문의한 후 거래일로부터 15일을 초과하는 등의 사유로 신청요건이 맞지 않아 신청을 아예 포기하기 때문인 것으로 나타났다.

위 신청된 건 중 실제 세무서에서 처리한 사례를 보면, 경기도 남양주시에 있는 ○○약국(대표자 ▽▽▽)에서 2008. 4. 1.부터 같은 해 5. 29. 사이에 서울특별시 강동구에 있는 △△△(대표자 ◇◇◇)로부터 양약을 4회에 걸쳐 공급(공급대가 4,295,500원)받고 세금계산서를 교부받지 못해 같은 해 6. 30.을 거래일로 하여 같은 해 7. 15. 남양주세무서장에게 매입자발행세금계산서 발행을 신청하였으나 실제 거래일로부터 신청일까지 15일이 초과되었다는 사유로 발행이 거부되는 등 36개 세무서에서 처리한 50건 중 12건만 승인되고 나머지 38건은 거부되었으며, 거부된 38건 중 22건이 거래일로부터 15일이 초과되었다는 사유로 매입자발행세금계산서가 발행되지 못하는 등 신청기한을 너무 짧게 정하여 운영하는 등으로 위 제도가 정착되지 못하고 있었다.

< 조치할 사항 >

기획재정부장관은 매입자발행세금계산서 제도 도입의 취지를 살릴 수 있도록 재화 또는 용역의 거래시기로부터 15일 이내에 거래사실 확인을 신청하도록 한 ｢조세특례제한법 시행령｣ 제121조의4 제2항의 신청기한을 합리적으로 늘리는 방안을 강구하시기 바랍니다.(통보)

□-(4). 대가의 지급방법에 따른 영세율 적용 규정 운영 부적정

비거주자 등에 지급할 대금에서 차감하는 방식으로 외화를 획득한 경우 영세율을 적용한다는 내용을 법령이 아닌 ｢부가가치세법 기본통칙｣에 반영하여 운영하고 있어 법원에서 패소하는 등 집행상 혼란 초래

기획재정부에서 외화 획득에 따른 영세율 적용범위를 ｢부가가치세법｣ 제11조 등에 규정하고 있다.

같은 법 제11조 제1항 제4호, 같은 법 시행령 제26조 제1항 제1호의 규정에 따르면 국내에서 국내사업장이 없는 비거주자 또는 외국법인에게 외화를 획득하는 재화 또는 용역을 공급하고 그 대금을 외국환은행에서 원화로 받는 경우에는 수출산업의 지원․육성 및 외화획득 장려 등의 정책적 목적을 달성하기 위해서 영의 세율(이하 “영세율”이라 한다)을 적용하도록 하고 있다.

그리고 국내사업장이 없는 비거주자 또는 외국법인에게 재화 또는 용역을 공급하고 그 대가를 당해 비거주자 또는 외국법인에게 지급할 금액에서 ‘차감’하는 경우에도 위 ‘차감’ 부분에 대한 실질적인 외화의 획득이 있는 것이므로 영세율을 적용하도록 부가가치세법령에 명확히 규정하는 것이 바람직하다.

그런데도 기획재정부에서는 위와 같은 내용을 부가가치세법령에 명시하지 아니하고 행정규칙인 ｢부가가치세법 기본통칙｣ 11-26-4 제2호의 규정에 따라 위 ‘차감’ 부분에 대해 영세율을 적용하도록 하고 있다.

이에 대하여 대법원에서는 구 ｢부가가치세법 시행령｣(2001. 12. 31. 대통령령 제17460호로 개정되기 전의 것) 제26조 제1항 제1호 규정 중 ‘대금을 외국환은행에서 원화로 받는 것’이란 단순히 세무행정의 편의를 위하여 훈시적으로 대금지급방법을 예시한 것이 아니므로 엄격히 해석하여야 하며, ｢부가가치세법 기본통칙｣ 11-26-4의 내용은 과세관청의 국세관행이 될 수 있는지 여부는 별론으로 하고 외국환은행을 통한 대금결제절차를 밟을 것을 영세율의 적용 요건으로 정하고 있는 위 구 ｢부가가치세법 시행령｣ 제26조 제1항 제1호 규정에 대한 해석으로서는 온당하다 할 수 없다고 판시(2007. 6. 14. 선고 2005두12718 판결)하였는데도 기획재정부에서는 아무런 조치를 하지 않고 있다.

이에 따라 이번 감사시 위 대법원 판결 이후인 2007년 제2기부터 2008년 제1기 귀속분으로서 종로세무서와 남대문세무서에 신고된 3건을 대상으로 차감 형식으로 지급된 대가에 대한 영세율 적용실태를 확인한 결과, (주)☆☆☆☆☆☆☆(대표이사 ○○○)의 경우 외국 선박회사의 국내 해운대리점으로서 국내의 화주(貨主)가 외국 선박회사에 지급할 운임(24,064백만여 원)을 대신 수령하고 자신이 받을 수수료(2,836백만여 원)를 차감한 금액을 외국 선박회사에 송금한 후 위 차감한 부분에 대해 영세율을 적용하여 종로세무서에 신고하였으나 같은 세무서에서는 위 대법원 판결을 근거로 영세율의 적용을 부인하여 2008. 5. 16. 2007년 제2기 분 및 2008년 제1기 분 부가가치세 325백만여 원을 과세예고통지한 반면, ○○○○○○○○○○(주)(대표이사 ♤♤♤)의 경우 외국 선박회사의 국내 해운대리점으로서 국내의 화주가 외국 선박회사에 지급할 운임(미화 8,520,946달러)을 대신 수령하고 자신이 받을 수수료(1,586백만여 원)를 차감한 금액을 외국 선박회사에 송금한 후 위 차감 부분에 대해서 영세율을 적용하여 남대문세무서에 신고한 데 대해 같은 세무서에서는 ｢부가가치세법 기본통칙｣ 11-26-4 제2호에 따라 위 신고 내용을 그대로 인정하는 등 위 대법원 판결 이후 [별표 1] “차감 형식으로 지급된 대가에 대한 영세율 적용 실태”와 같이 일선 세무서에서 영세율을 적용하는데 혼란을 겪고 있었다.

< 조치할 사항 >

기획재정부장관은 ｢부가가치세법 기본통칙｣ 11-26-4 제2호의 내용을 ｢부가가치세법 시행령｣ 제26조 등에 반영하여 운영하는 방안을 마련하시기 바랍니다.(통보)

□-(5). 사업자등록 직권 말소 사실 공시 제도 운영 부적정

사업자등록 직권 말소 사실을 관보나 게시판에 공시하도록 규정하고도 이를 이행하지 않는 등 사업자 직권 말소 사실 공시제도 운영 부실

국세청에서 ｢부가가치세 사무처리규정｣(2008. 3. 24. 국세청훈령 제1686호) 제16조에 각 세무서에서 사업자등록을 직권 말소한 자의 사업자등록증을 회수할 수 없는 경우 말소 사실을 관보에 게재하거나 게시판에 공고하는 등의 방법으로 공시하도록 사업자등록 말소 공시규정을 마련하여 운영하고 있다.

사업자등록 직권 말소 사실을 공시하는 목적은 무단폐업, 부도발생 및 고액체납 등으로 도산하여 소재가 불명하거나 인․허가 취소 등으로 사업수행이 불가능하여 직권 말소된 자가 사실과 다른 세금계산서를 발행하는 등으로 선의의 거래상대방이 입게 되는 피해를 예방하기 위한 것이다.

그런데 이번 감사시 일선 세무서의 사업자등록 직권 말소 사실 공시 실태를 확인한 결과 서울지방국세청 관하 종로세무서 등 24개 세무서에서 2007. 1. 1.부터 2008. 9. 30. 현재까지 총 36,102명의 사업자를 직권으로 등록 말소하고도 관보에 게재하지 않거나 게시판에 공고하지 않고 있는 등 일선 세무서에서 직권으로 사업자등록을 말소한 자에 대해 공시를 전혀 이행하지 않고 있어 위 사무처리규정의 등록 말소 공시규정이 사실상 유명무실한 것으로 나타났다.

따라서 각 세무서에서 사업자등록 직권 말소 사실을 관보에 게재하거나 게시판에 공고하는 업무가 제대로 이행되지 않고 있는 사유를 면밀히 검토하여 사업자등록 직권 말소 공시방법을 개선할 필요성이 있다면 관련 규정을 보완하여 국세청 홈페이지에 일괄 공시하거나, 2001년 7월부터 개별 사업자의 폐업여부를 조회할 수 있는 국세청 홈페이지의 ‘휴폐업조회화면’에서 사업자등록 직권 말소 공시내용도 조회할 수 있도록 운영하는 등 보다 효과적인 공시 방안을 마련하여 운영하는 것이 바람직하다.

그런데 국세청에서는 현행 위 ‘휴폐업조회화면’에서 사업자의 폐업여부와 폐업일자에 대한 단순 조회만 가능하고, 직권등록 말소여부나 상호, 대표자, 사업장소재지 등 등록말소 사실 공시에 필요한 주요 내용은 조회가 불가능하여 사업자등록 직권 말소 공시 기능을 수행한다고 볼 수 없는데도 일선 세무서에서 2001년 7월 이후 위 ‘휴폐업조회화면’에서 개별 사업자에 대한 폐업여부 조회가 가능하다는 사유 등으로 사업자등록 직권 말소 사실을 공시하지 않고 있는 등 ｢부가가치세 사무처리규정｣ 제16조의 규정을 제대로 이행하지 않는 데 대해 개선방안을 마련하지 않은 채 그대로 두고 있다.

< 조치할 사항 >

국세청장은 ｢부가가치세 사무처리규정｣ 제16조의 규정을 보완하여 국세청 홈페이지에 직권 말소 사실을 공시하도록 하는 등 사업자등록 직권 말소 사실을 제대로 공시할 수 있는 방안을 마련하시기 바랍니다.(통보)

2		세적 및 세원관리 분야

가. 세적관리 분야

【 실태 】

과세사업자는 기본적으로 일반과세자로 분류되어 공급가액의 10%만큼 부가가치세를 스스로 신고․납부하고, 세금계산서 교부 등 의무를 이행하여야 한다.

그러나 매출규모가 작은 영세사업자의 경우에는 모든 거래 건을 기장하거나 세무신고시 매출세액과 매입세액을 정확히 산출하는 일이 쉽지 않다.

그에 따라 1년간 공급대가가 4,800만 원 미만인 영세사업자는 간이과세자로 분류하여 간편하게 부가가치세를 신고․납부하도록 하고 있다.

즉, 간이과세자에 대하여는 공급대가에 업종별 부가가치율(20%～40%)을 곱한 후 부가가치세율인 10%를 곱하여 납부세액을 간단히 계산하도록 하고, 세금계산서나 영수증을 보관하기만 하면 기장의무를 이행한 것으로 보며, 특히 당해 과세기간의 공급대가가 1,200만 원 미만인 경우 부가가치세 납부 의무를 면제해 주는 등 영세사업자에 대해 세부담을 줄여줌과 동시에 납세편의를 제공함으로써 부가가치세제 적용의 특례를 인정하고 있다.

2007년 말 기준 간이과세자 수는 175만여 명(전체 사업자 수의 38%)이다.

[그림 4] 과세사업자 중 간이과세자 비중 추이

(단위 : %)

자료 : 국세청

그러나 간이과세자의 경우 세금계산서 발행 의무가 없어 과표 양성화를 저해하고 탈세를 조장한다는 등의 문제점이 있어 간이과세제도를 폐지하거나 간이과세자를 축소해야 한다는 논의가 꾸준히 제기되고 있다.

[표 10] 일반과세자와 간이과세자 비교

구 분	일반과세자	간이과세자
대상사업자	간이과세자가 아닌 개인과세사업자와 법인과세사업자	직전연도 1역년 공급대가 4,800만 원 미만인 개인사업자(간이과세 배제대상 제외)
과세표준	공급가액	공급대가(부가가치세 포함금액)
세 율	10%, 0%(영세율)	업종별부가가치율×10%, 0%(영세율)
납부세액	매출세액 - 매입세액 - 공제세액	공급대가×업종별 부가가치율×10% - 공제세액
세금계산서 교 부	원칙적으로 세금계산서 교부 영수증도 교부 가능	영수증만 교부(세금계산서 교부불가)
매입세액	전액 매입세액으로 공제	매입세액×업종별 부가가치율을 곱한 금액만큼 공제
예정신고 납 부	법인 : 반드시 예정신고 개인 : 예정고지 및 신규자 등 예정신고(10만 원 이하 예정고지 생략)	예정고지 및 예정신고 없음
납부의무 면 제	적용대상 아님	당해 과세기간 공급대가 1,200만 원 미만인 경우 납부의무 면제(재고납부세액 제외)
기장	장부에 의하여 기장	교부받은 세금계산서 또는 교부한 영수증으로 갈음

【 문제점 】

□-가-(1). ｢간이과세배제기준｣ 고시 내용 불합리

｢간이과세배제기준｣을 고시하면서 내용을 불명확하게 설시하거나 지역별로 형평에 어긋나게 수립하고, 간이과세에서 배제되어야 할 사업자 등에 대한 고시 누락

국세청에서 ｢부가가치세법｣ 제25조 제1항 제2호, 같은 법 시행령 제74조 제2항 제8호 및 같은 법 시행규칙 제23조의2 제2항과 제3항의 규정에 따라 간이과세가 배제되는 업종이나 지역기준 등을 정한 ｢간이과세배제기준｣(종목기준, 부동산임대업기준, 과세유흥장소기준, 지역기준의 4가지 기준으로 구성됨)을 매년 수립․고시하고, 각 세무서로 하여금 이를 적용하도록 하고 있다.

종목기준 : 일정 종목을 열거하여 해당 종목을 영위하는 사업자는 간이과세 배제

부동산임대업기준 : 지역별, 개별공시지가별 면적 기준을 설정하여 해당 기준 이상일 경우 간이과세 배제

과세유흥장소기준 : 읍․면 지역을 열거하여 해당 지역에 소재하는 과세유흥장소에 대해 간이과세 배제

지역기준 : 각 지역(지번)별 적용범위(사업장면적 기준, 업종 기준 등)를 정하여 이에 해당할 경우 간이과세 배제

같은 법 제25조 제1항 및 같은 법 시행령 제74조 제1항의 규정에 따르면 직전 1역년의 재화와 용역 공급대가가 4,800만 원 미만인 개인사업자에 대해서는 간이과세를 적용하도록 하되, 업종․규모․지역 등을 감안하여 대통령령이 정하는 업종(제조업, 도매업 등)의 영위자나 국세청장이 별도로 정하는 ｢간이과세배제기준｣에 해당하는 경우에는 간이과세를 적용하지 않도록 되어 있다.

｢간이과세배제기준｣을 수립할 때에는 합리적인 기준을 정하여 간이과세에서 배제되어야 할 대상을 선정하고, 내용을 명확히 규정함으로써 모든 사업자와 일선 세무서 사업자등록 담당자들이 간이과세 배제 대상인지 여부를 쉽게 판단할 수 있도록 함과 아울러, 각 지역별로 특별한 사유없이 배제기준을 달리 수립․적용함으로써 형평성을 일실하는 일이 없도록 하여야 한다.

그런데 이번 감사시 ｢간이과세배제기준｣(2008. 6. 10. 국세청고시 제2008-13호)을 점검한 결과 배제기준 내용이 불명확하여 적용에 혼란을 가져오거나 지역별로 적용 범위를 달리 규정하여 형평성을 잃고 있는 등 다음과 같은 문제가 있었다.

(가) 고시 내용 불명확

① 각 기준의 중복 적용 여부 불명확

위 ｢간이과세배제기준｣ 4. 라. 지역기준 (2)항을 보면 “종목기준, 부동산임대업기준, 과세유흥장소기준이 적용되는 경우에는 지역기준에도 불구하고 종목기준 등 해당 기준에 의한다”라고 되어 있다.

한편, 국세청은 서대전세무서에서 2008. 9. 17. ｢간이과세배제기준｣ 적용시 부동산임대업기준과 지역기준의 중복 적용 여부에 대한 질의를 한 데 대해 같은 달 19일 ‘부동산임대업의 경우 지역기준을 적용하지 않고 부동산임대업기준에 의하여만 간이과세 배제 여부를 결정한다’고 회신한 바 있다.

그런데 위 ｢간이과세배제기준｣ 4. 라. 지역기준 (2)항의 내용을 볼 때 부동산임대업기준에 해당하는 경우 간이과세가 바로 배제되므로 문제가 없으나, 해당하지 않는 경우에는 다시 지역기준에 해당하는지 여부를 검토하여 간이과세를 배제해야 하는지 여부가 명확하지 않다.

지역기준의 세부적인 내용을 보면 경기도 고양시의 화정역, 주엽역, 백석역 주변상가 지역의 경우 ‘상가분양 및 임대업’을 제외한 전 사업자에 대해 간이과세를 배제한다고 되어 있고, 경기도 파주시 동패리 교하일번가 및 부산광역시 금정구 부산대학교 주변상가 지역의 경우에도 부동산임대업 등 일부 업종을 제외한 전 사업자에 대해 간이과세를 배제한다고 구체적으로 명시한 것에 비추어 볼 때 부동산임대업이 지역기준 적용범위에서 제외되는지 여부를 명시하지 아니하고 전 사업자에 대해 간이과세를 배제한다고 규정한 지역의 경우에는 부동산임대사업에 대해서도 지역기준이 적용되는 것으로 해석할 소지가 많다.

특히, 사업자등록신청을 받아 전산 입력하는 국세통합시스템을 보면 부동산임대업기준에 미달하는 자일지라도 지역기준에서 규정한 지역에서 사업을 하는 경우 지역기준에 해당된다고 전산조회됨에 따라 일부 세무서 담당자는 부동산임대업자에 대해 지역기준을 적용하여 간이과세를 배제하고 있는 실정이다.

국세통합시스템(Tax Integration System) : 국세청에서 각종 과세자료를 수집․축적하여 세적 및 세원관리, 세무조사 등 제반 업무 등에 활용하고자 국세청 본청․지방국세청․세무서를 연계하여 운영하는 전산시스템

실제로 서대전세무서의 경우 대전광역시 서구에 사는 ○○○가 본인이 소유하고 있는 같은 구 둔산동 ○○오피스텔 ◇◇◇호(면적 : 93.8㎡)를 임대하고자 2008. 8. 21. 사업자등록신청을 한 데 대해 위 임대 부동산의 개별공시지가는 2008. 1. 1. 현재 ㎡당 3,420,000원이고 부동산임대업기준에 따른 간이과세 배제 기준 면적인 371㎡ 미만이므로 간이과세 적용이 가능하나, 지역기준에 따라 위 주소지에서는 사업장면적이 33㎡ 이상이면 모두 간이과세가 배제된다는 사유로 일반과세자로 사업자등록을 해주는 등 부동산임대업에 대해 지역기준을 중복 적용하여 2008. 9. 29. 현재 위 ○○오피스텔 각 호를 임대하는 사업자 174명 중 168명에 대해 일반과세를 적용하고 있다.

위 ○○○의 경우 당초 일반과세자로 사업자등록을 해주었으나 2008. 9. 19. 국세청 본청에서 부동산임대업의 경우 지역기준을 적용하지 않고 부동산임대업기준에 의하여만 간이과세 적용 여부를 결정한다고 회신함에 따라 서대전세무서에서는 2008. 9. 24. 간이과세자로 다시 사업자등록을 해 준 사실이 있음.

위 사업자 중에는 부가가치세 매입세액공제를 받기 위하여 일반과세자로 신청했기 때문에 일반과세자로 등록된 경우도 포함되어 있으나 정확한 수치는 파악하기 어렵고, 위 ○○오피스텔을 임대하는 사업자 174명 중 간이과세자는 6명임.

그러나 서초세무서의 경우 서울특별시 서초구에 사는 ☆☆☆가 본인이 소유하고 있는 서울특별시 서초구에 있는 ▷▷▷▷▷▷▷센타 1402호(면적 : 32.62㎡)를 임대하고자 2007. 5. 10. 사업자등록신청을 한 데 대해, 지역기준에 따르면 간이과세가 배제되는데도 지역기준은 적용하지 아니한 채 위 임대 부동산의 2006. 1. 1. 기준 개별공시지가가 ㎡당 13,300,000원이고 부동산임대업기준에 따른 기준 면적인 66㎡ 미만이라는 사유로 간이과세자로 사업자등록을 해주는 등 2008. 8. 28. 현재 위 ▷▷▷▷▷▷▷센타 각 호를 임대하는 사업자 96명에 대해 모두 간이과세를 적용하였다.

2006. 7. 1. 시행된 ｢간이과세배제기준｣(국세청고시 제2006-15호)에 따른 기준이고, 2008. 8. 28. 현재 시행중인 ｢간이과세배제기준｣에 따르면 위 임대 부동산의 간이과세 배제 기준 면적은 62㎡임.

위와 같이 각 세무서별로 부동산임대업기준과 지역기준의 중복 적용 여부에 대해 다르게 해석하여 적용함에 따라 부동산임대업사업자에 대한 간이과세 배제 업무가 통일성있게 이루어지지 못하고 있다.

② 배제 대상 업종 정의 불명확

지역기준이 적용되어 간이과세가 배제되는 업종을 정의할 때에는 종목명과 업종코드를 구체적으로 정확히 기재하여야 한다.

사업자는 사업자등록신청서에 주된 업종 및 그 업종코드(기준경비율 ‧ 단순경비율에서 업종별로 구별하여 규정한 6자리의 숫자)를 기재하고, 세무서에서는 이를 국세통합시스템에 입력하여 관리함.

그런데도 국세청에서는 [표 11]과 같이 서울특별시 송파구 방이동 지역의 음식업, 숙박업 등에 대해 간이과세를 배제하면서 지역기준 적용범위에 업종을 구체적으로 규정하지 않고 ‘현금수입업종’을 영위하는 전 사업자(사업장 면적 16㎡ 미만 제외)에 대해 간이과세를 배제한다고 규정하였으나 ‘현금수입업종’이 구체적으로 어떤 업종을 의미하는 것인지에 대한 정의가 없어 간이과세 대상 여부에 대해 혼선의 여지가 있고, 대전광역시 중구 문화동 1-19 등 가구 전문상가에서 사업을 하는 가구류 소매업자에 대해 간이과세를 배제하면서 적용범위에 ‘523311’ 등 업종코드인 6자리 숫자만 명시하고 있어 무엇을 뜻하는지 정확히 알 수 없는 등 배제 대상 업종을 명확히 규정하지 않고 있다.

[표 11] ｢간이과세배제기준｣ 적용대상 업종 현황

구 분	지역(건물)명	소 재 지	적 용 범 위
지 역 (서울특별시 송파구)	음식․숙박업소 밀집지역	송파구 방이동 21～24, 28, 34～38, 40, 44, 45, 51, 58, 59, 64	◦ 현금수입업종 전사업자 (다만, 사업장면적 16㎡미만 및 51-2, 51-11 지하 제외)
지 역 (경기도 고양시 일산동구)	마두역 주변상가	마두동 797～805 장항동 889～898	◦사업장 면적 50㎡이상 (부동산․서비스업 제외)
전문상가 (대전광역시 중구)	가구갤러리 제일가구프라자 대림가구타워 오류동가구거리	대전 중 문화 1-19 대전 중 오류 152-1 대전 중 용두 23-1 등 (본번지에 따른 호수 전호)	◦ 523311 ◦ 523312 ◦ 523313 ◦ 523314

③ 배제 대상 지역 불명확

간이과세가 배제되는 지역을 정하고자 하는 경우 해당 지번을 구체적으로 명기하여 해당 지역 범위를 명확히 함으로써 혼란이 없도록 할 필요가 있다.

그런데 도로명주소가 아닌 기존 주소체계에 의하는 경우 ｢지적법 시행령｣ 제3조의 규정에 따라 지번이 본번과 부번으로 나누어지므로 본번만 있는 경우(예 : 1번지)와 본번에 부번까지 있는 경우(예 : 1-1번지)는 다른 지역을 의미한다.

참고로, ｢도로명주소 등 표기에 관한 법률｣ 제21조의 규정에 따라 국세청에서도 기존 주소가 아니라 도로명주소를 사용할 의무가 있음.

따라서 지역기준에 간이과세가 배제되는 지역을 규정할 때에는 해당 지역의 본번과 부번을 명확하게 표시하여야 한다.

그런데 지역기준에서 간이과세가 배제되는 지번을 규정하고 있는 실태를 보면, [표 12]와 같이 전라북도 전주시 중화산동2가 지역은 ‘각 번지 전 호’라고 기재하여 본번만 기재한 경우 부번도 모두 포함된다고 명시하였고, 대구광역시 두산동 113 등의 지역은 ‘본 번지만 표기된 경우 가지지번 제외’라고 명시하였다.

반면, 서울특별시 송파구 문정동 42의 경우 본번과 각 부번(42-1부터 42-12까지 있음)을 포함하는 것이 타당하다고 판단하고 실제로 그렇게 지역기준을 적용하고 있으면서도 지역기준에는 본번(42번지)만 표시하였다.

또한, 경기도 고양시 일산동구 풍동의 경우 풍동 전 지역에서 음식․숙박업에 대해 간이과세를 배제한다고 규정하면서 ‘카페촌’ 이외 지역은 제외한다고 하였으나 ‘카페촌’의 지번을 표시하지 않고 있어 정확히 어느 지역에서 영업을 하는 사업자에게 지역기준이 적용될 것인지가 명확하지 않다.

[표 12] 간이과세 배제 지역 현황

구 분	지역(건물)명	소 재 지	적 용 범 위
중심 상업지역 (전라북도 전주시)	중화산동2가	중화산동2가 647～650, 657～658, 660～664 (각 번지 전호)	◦ 사업장 50㎡이상
지 역 (대구광역시 수성구)	동대구로 및 들안길	두산동 1-4, 2-(2～3), 113, 114 등	◦ 본 번지만 표기된 경우 가지지번 제외
지 역 (서울특별시 송파구)	의류소매점 밀집지역	문정동 4 문정동 29, 41, 42	◦ 의류소매업 ◦ 전사업자 (다만, 사업장면적 16㎡미만 및 29-8～13제외)
지 역 (서울특별시 용산구)	숙대입구 주변대로변	남영동 17-18, 20-26, 60-62, 72, 73, 78, 82-86, 88	◦ 전사업자
지 역 (경기도 고양시 일산구)	풍동 카페촌	풍동 전지역	◦ 음식․숙박업 (다만, 카페촌 이외 지역은 제외)

(나) 합리적 이유없이 배제대상에 미포함

이마트, 홈플러스, 롯데마트 등 대형 할인점의 각 점포를 지역기준에 포함시켜 대형 할인점의 각 점포에 입점해 있는 사업자에 대해서는 간이과세를 배제하고 있다.

그런데 이번 감사시 2008. 9. 25. 현재 전국에 있는 위 3개 할인점 점포의 지역기준 포함 여부를 파악한 결과 [표 13]과 같이 총 245개 점포 중 이마트 ♧♧점 등 133개(54.3% 상당)는 포함되어 있으나 롯데마트 ☆☆점 등 112개(45.7% 상당)는 신설 점포에 대한 실태 파악 소홀 등 사유로 포함되어 있지 않다.

[표 13] 할인점 지점 중 지역기준 포함 현황

(단위 : 개소)

구분	롯데마트	이마트	홈플러스	계
계	58	115	72	245 (100%)
미포함	26	48	38	112 (45.7%)
포함	32	67	34	133 (54.3%)

자료 : 국세청

이에 따라 지역기준에 포함되어 있는 점포에서 사업을 영위하고 있는 자는 간이과세에서 배제되는 데 비해, 롯데마트 ☆☆점에서 2004. 9. 1. 동물병원을 개업하여 운영중인 □□□(상호 : ◁◁◁동물병원)의 경우 간이과세 적용을 받고 있는 등 지역기준에 포함되어 있지 않은 112개 지점에서 사업을 영위하는 사업자 중 116명이 2008. 9. 25. 현재 간이과세 적용을 받고 있다.

(다) 지역별 형평성 일실

지역기준 중 ‘구분’란에 ‘호텔’이나 ‘대형건물’ 등으로 되어 있는 것은 제외하고 ‘지역’으로 되어 있는 경우를 대상으로 분석함.

지역기준 적용이 제외되는 업종이나 사업장면적 기준을 합리적 이유없이 지역별로 달리 규정함으로써 형평성을 일실하는 일이 없도록 하여야 한다.

그런데 국세청에서는 각 지방국세청이 각 세무서로부터 관할 지역의 지역기준(안)을 취합하여 제출한 것을 종합 검토하여 지역간 형평성을 확보하기 위한 조정 등 조치를 제대로 하지 않은 채 ｢간이과세배제기준｣을 고시하는 실정이다.

이에 따라 [표 14]와 같이 광주광역시 등 광주지방국세청 관할 지역의 경우 업종에 관계없이 일정 면적 이상(지역별로 다르나 33㎡ 이상 등으로 규정)의 사업장을 운영하는 사업자에 대해 지역기준을 적용하여 간이과세를 배제하도록 규정한 반면, 대구광역시 등 대구지방국세청 관할 지역의 경우는 잡화소매, 담배소매, 의복수선․가정용품 수리, 부동산중개업에 대해서는 사업장면적에 관계없이 간이과세를 적용하고 있고, 주차장(사업장 면적 247.5㎡ 미만), 탁구․당구장(165㎡ 미만), 세탁업(66㎡ 미만), 이용업(49.5㎡ 미만), 미용업(49.5㎡ 미만), 호프․소주방(66㎡ 미만), 숙박업(객실 15개 미만) 등 일부 업종에 대해서는 사업장면적이나 객실 기준을 추가로 두어 간이과세를 적용하는 등 지역별로 간이과세 적용 기준을 달리 규정하여 적용하고 있다.

한편, 사업장면적을 기준으로 보면, 서울특별시 성북구 안암동5가 고려대학교 주변에 대해서는 사업장면적이 66㎡ 이하인 경우 지역기준 적용을 제외함에 따라 간이과세가 인정되도록 규정한 반면, 전라북도 전주시 덕진구 금암동 등 전북대학교 주변에 대해서는 사업장면적에 관계없이 전 사업자에 대해 지역기준을 적용하여 간이과세를 배제하도록 규정하는 등 지역별로 업종이나 사업장면적 기준을 달리 규정하여 적용하고 있다.

[표 14] 지역별 지역기준 적용 제외 대상 업종 및 사업장면적 기준

지 역	제외 기준
광주광역시 서구 치평동 1176 등 (광주지방국세청 관할 지역인 광주광역시, 전라남도, 전라북도)	․ 사업장면적 33㎡ 미만 등 (지역별로 기준 면적은 다소 차이가 있음)
대구광역시 중구 동성로1가 3 등 (대구지방국세청 관할 지역인 대구광역시, 경상북도)	․잡화소매, 담배소매, 의복수선․가정용품 수리, 부동산중개업 ․주차장(247.5㎡미만), 탁구․당구장(165㎡미만), 호프․ 소주방(66㎡미만), 세탁업(66㎡미만), 이용업(49.5㎡미만), 미용업(49.5㎡미만), 숙박업(객실 15개 미만) 등
서울특별시 성북구 안암동5가 101 등 (고려대학교 주변)	․ 사업장면적 66㎡ 이하
전라북도 전주시 덕진구 금암동 664 등 (전북대학교 주변)	․ (없음)

또한, 지역별로 부동산중개업에 대한 지역기준을 규정하고 있는 실태를 보면, [표 15]와 같이 양천세무서 등 15개 세무서 관할 지역에서는 지역기준 적용을 모두 제외하도록 한 반면, 강동세무서 등 8개 세무서에서는 사업장면적이 33㎡ 미만으로서 종업원이 없는 경우에만 지역기준을 적용하지 않도록 하고 있으며, 마포세무서 및 전주세무서에서는 사업장면적 등 조건에 관계없이 모두 지역기준을 적용하여 간이과세를 배제하도록 하는 등 지역별로 형평이 맞지 않고 있다.

[표 15] 부동산중개업에 대한 지역기준 현황

구분		해당 지역 관할 세무서
모두 제외		양천, 강서, 평택, 고양, 원주, 동대구, 서대구, 남대구, 북대구, 경주, 포항, 구미, 경산, 북부산, 제주
사업장면적, 종업원 수 기준 등에 따라 제외	33㎡ 미만으로 종업원이 없는 사업자	강동, 구로, 금천, 도봉, 동대문, 서대문, 성동, 성북
	23㎡ 미만으로 종업원이 없는 사업자	남대문, 반포, 삼성, 서초, 역삼, 영등포, 용산, 종로(종로1～6가), 중부
	23㎡ 미만으로 종업원이 없으며 월세 50만 원 미만인 사업자	강남
	일정 면적 이하(33㎡ 등)인 경우 제외	노원, 동작, 송파,
모두 적용		마포, 전주

< 조치할 사항 >

국세청장은 간이과세에서 배제되는 업종 및 지역과 각 기준간 중복 적용 여부 등을 명확히 규정하고, 특별한 사유가 없는 한 각 지역간 형평성이 확보될 수 있도록 ｢간이과세배제기준｣을 합리적으로 개정하시기 바랍니다.(통보)

□-가-(2). 간이과세 적용 배제 업무 불철저

｢부가가치세법｣ 및 ｢간이과세배제기준｣ 등의 규정에 따르면 간이과세가 배제되어야 할 업종 영위자 등에 대하여 간이과세를 적용하여 형평성 일실

국세청에서 각 세무서로 하여금 ｢부가가치세법｣ 제25조 제1항, 같은 법 시행령 제74조 제2항 및 ｢간이과세배제기준｣ 등의 규정에 따라 간이과세를 적용받을 수 없는 사업자에 대해 일반과세자로 사업자등록을 하도록 하고, 간이과세자로 사업자등록을 하였으나 나중에 위 간이과세 배제 요건에 해당되는 자에 대해서는 일반과세자로 과세유형을 전환시키도록 하는 등 간이과세 적용 배제 업무를 수행하고 있다.

모든 사업자는 기장을 하고 세금계산서를 발행하는 등의 의무를 가지는 것이 원칙이나 사업 규모가 영세한 사업자에게 납세 등의 편의를 위하여 특별히 간이과세를 인정하는 것이므로 국세청에서는 부가가치세법령에서 정한 간이과세 배제 대상에 해당되어 일반과세자로 적용해야 할 사업자를 간이과세자로 적용하는 일이 없도록 일선 세무서의 사업자등록 및 과세유형 전환 관련 업무 수행에 대한 지도․감독을 철저히 하여야 한다.

그런데 이번 감사시 간이과세 적용실태를 점검한 결과 다음과 같이 간이과세에서 배제되어야 할 사업자를 간이과세자로 분류하여 특례를 인정해주고 있는 문제점이 있었다.

(가) 일반과세사업장을 보유한 자에 대해 간이과세 적용

｢부가가치세법｣ 제25조 제1항 제1호의 규정에 따르면 간이과세가 배제되는 다른 일반과세사업장을 보유하고 있는 사업자에 대하여는 간이과세를 적용하지 않도록 되어 있다.

그런데 이번 감사시 2008. 9. 22. 현재 간이과세자로서 일반과세사업장을 보유하고 있는 사업자가 있는지 여부를 확인한 결과 파주세무서에서 경기도 파주시 에 사는 ♧♧♧이 2006. 2. 16.부터 같은 시 문산읍에서 일반과세사업장인 음식점(상호 : ○○○○○○○부페, 업종코드 : 552201)을 운영하면서 같은 해 9. 10. 같은 장소에서 여행사를 운영하기 위해 사업자등록을 신청한 데 대해 간이과세자(상호 : ○○○ 투어, 업종코드 : 630600)로 등록해주는 등 106개 세무서에서 일반과세사업장을 보유하고 있는 사업자 2,959명의 다른 사업장에 대해 간이과세를 적용하고 있다.

(나) 도매업 영위자에 대해 간이과세 적용

｢부가가치세법 시행령｣ 제74조 제2항 제3호의 규정에 따르면 도매업을 영위하는 자는 간이과세에서 배제하도록 되어 있다.

그런데 2008. 8. 28. 현재 특별시 및 광역시 지역에서 도매업을 영위하면서 간이과세를 적용받고 있는 사업자의 실태를 확인한 결과 서대전세무서에서 대전광역시 서구에 사는 ◎◎◎이 2008. 8. 28. 같은 장소에서 자동차용품 도소매업을 영위하고자 사업자등록을 신청한 데 대해 간이과세자(상호 : □□통상)로 사업자등록을 해주는 등 45개 세무서에서 도매업을 영위하고 있는 129명의 사업자에 대해 간이과세를 적용하고 있다.

자동차 관련 도매업(업종코드 : 503001, 503003), 기타 도매업(업종코드 : 512부터 519 사이의 숫자로 시작하는 업종)을 대상으로 점검함.

(다) ｢간이과세배제기준｣ 종목기준에 해당되는 자에 대해 간이과세 적용

종목기준에 일반건축공사(업종코드 : 451101), 귀금속(업종코드 : 523922), 단란주점업(업종코드 : 552207) 등의 업종을 열거하여 서울특별시 및 광역시(읍․면지역 제외), 수도권의 시지역 중 수원시 등 17개 지역에서 위 열거된 업종을 영위하는 경우 간이과세를 배제하도록 하고 있다.

그런데 특별시 및 광역시 지역에서 종목기준에 해당하는 종목을 영위하는 간이과세자 현황을 점검한 결과, 양천세무서에서 서울특별시 양천구에 사는 △△△이 같은 구에서 간이과세가 배제되는 단란주점업(업종코드 : 552207)을 영위하고자 사업자등록을 신청하자 2008. 3. 7. 간이과세자로 사업자등록을 해주는 등 2008. 8. 28. 현재 특별시 및 광역시에서 종목기준에 해당하는 종목을 영위하는 1,320명의 사업자에 대해 간이과세를 적용하고 있다.

(라) ｢간이과세배제기준｣ 부동산임대업기준에 해당되는 자에 대해 간이과세 적용

부동산임대업기준을 보면 각 지역별로 개별공시지가를 감안하여 일정 면적 이상일 경우 간이과세를 배제하도록 규정하고 있다.

그런데 서초세무서 관할인 서울특별시 서초구 ▷▷▷▷▷▷▷센터(오피스텔)를 표본 확인한 결과, 2008. 1. 1. 기준 위 지번의 개별공시지가는 ㎡당 20,300,000원으로서 임대면적이 62㎡ 이상이면 간이과세 배제 대상이므로 위 오피스텔 제1711호를 임대하고 있는 ♤♤♤의 경우 임대면적이 91㎡로서 간이과세 배제 대상이나 간이과세를 적용하고 있는 등 2008. 8. 28. 현재 위 오피스텔 각 호를 임대하고 있는 사업자 96명 중 위 ♤♤♤ 등 18명은 임대면적이 62㎡ 이상으로 간이과세 배제 대상인데도 간이과세를 적용하고 있다.

(마) ｢간이과세배제기준｣ 지역기준에 해당되는 자에 대해 간이과세 적용

지역기준에 간이과세에서 배제되는 지역 및 적용대상을 정하여 해당 지역의 일정 사업자에 대해서는 간이과세를 배제하도록 하고 있다.

그런데 이번 감사시 3대 미만의 자동판매기 운영, 사업장면적 23㎡ 이하로 종업원이 없는 사업자 중 방앗간, 일용잡화, 간이음식 등의 업종 영위자, 그 외에 사업장 면적 23㎡ 이하이고 월세 50만 원 미만인 사업자 등에 대해서는 간이과세자로 인정하고 나머지 사업자에 대하여는 간이과세를 배제하도록 하고 있는 서울특별시 서초구 서초동 지역에서 지역기준에 따른 간이과세 배제 적용실태를 표본 점검하였다.

그 결과 2008. 8. 28. 현재 서초세무서에서는 같은 동 ◁◁◁◁-◁에서 ◇◇고시원을 운영하는 ◎◎◎의 경우 사업장면적이 277.68㎡로서 지역기준에 따라 간이과세가 배제되는데도 간이과세를 적용하고 있는 등 사업장면적이 23㎡ 이상으로서 지역기준을 적용받아 간이과세가 배제되어야 할 305명의 사업자에 대하여 간이과세를 적용하고 있다.

< 조치할 사항 >

국세청장은

① 사업자등록시 ｢부가가치세법｣이나 ｢간이과세배제기준｣ 등에 따라 간이과세 배제 대상에 해당하는 일반과세사업장 보유자 및 업종 영위자 등에 대하여는 전산상 자동적으로 간이과세를 배제할 수 있도록 국세통합시스템을 보완하는 방안을 마련하고,

② 간이과세 배제 대상인데도 간이과세를 적용받고 있는 사업자에 대해서는 간이과세 적용의 적정 여부를 재검토하여 일반과세자로 과세유형을 전환하는 등의 조치를 하시기 바랍니다.(통보)

□-가-(3). 사업장면적 등 세적자료 관리 부적정

사업자등록시 국세통합시스템에 사업장면적을 입력하지 않거나 잘못 입력하는 등으로 간이과세 배제 등 사업자 관리 곤란

국세청 관하 세무서에서 ｢부가가치세법｣ 제5조, 같은 법 시행령 제7조 및 같은 법 시행규칙 제2조 등의 규정에 따라 사업자 인적사항, 업종 및 사업장면적 등의 내용이 포함된 사업자등록신청을 받아 위 내용을 국세통합시스템에 전산 입력하여 관리하고 있다.

사업장면적 등의 자료는 ｢간이과세배제기준｣에 따라 간이과세가 배제되는지 여부를 결정짓는 매우 중요한 판단 근거가 되므로 국세통합시스템에 정확히 내용을 입력하여 관리할 필요가 있다.

예를 들어 위 기준 중 부동산임대업기준을 보면 서울특별시 지역에서 개별공시지가가 ㎡당 10,000,000원 이상인 지역에서는 임대면적이 62㎡ 이상인 경우 간이과세를 배제하도록 되어 있고, 지역기준을 보면 대부분 지역에서 사업장면적 기준을 두어 동 기준 이상일 경우 간이과세를 배제(예를 들어 서울특별시 종로구 평창동 등 지역의 경우 사업장 33㎡ 이상 전 사업자에 대해 간이과세를 배제하도록 규정)하도록 되어 있다.

그런데 이번 감사시 사업장면적을 제대로 입력하여 관리하고 있는지 여부를 점검한 결과 다음과 같은 문제점이 있었다.

(가) 사업장면적 미입력

2008. 8. 28. 현재 전체 간이과세자 1,743,495명 중 국세통합시스템에 사업장면적이 입력되어 있지 않은 사업자가 36.4% 상당인 635,799명에 이르고 있다.

그 중 사업장이 서울특별시에 있는 경우를 세부적으로 보면, [표 16]과 같이 간이과세자 359,071명 중 사업장면적이 입력되어 있지 않은 사업자가 39.0% 상당인 140,156명이고, 이를 각 업종별로 구분해보면, 부동산임대업(업종코드 : 701201) 영위자가 43,770명, 부동산중개업(업종코드 : 702001) 영위자가 1,383명, 일반 미용업(업종코드 : 930203) 영위자가 1,020명, 한식점(업종코드 : 552101) 영위자가 746명에 이르는 등 사업장이 있는데도 그 면적이 입력되어 있지 않은 사업자가 많은 실정이다.

[표 16] 사업장면적이 미입력된 사업자 현황

(서울특별시 소재 간이과세자 중 업종별, 사업자 수 상위 20개 업종)

업종코드	종목	사업자 수(명)
701201	부동산임대	43,770
602201	개인, 일반택시	37,669
602307	도로화물운송업(용달차)	16,730
525101	전자상거래	9,766
602301	화물차	4,914
523132	화장품외판	4,105
702001	부동산중개	1,383
701202	부동산임대	1,293
922102	개인 및 가정용품 수리	1,170
930203	일반미용업	1,020
525102	기타통신판매	875
701300	부동산임대(전대)	852
523231	외의(外衣) 소매	793
552101	한식점	746
522071	식품종합소매	682
602203	모범택시	618
522080	담배소매	592
552109	간이음식점	527
930100	세탁업	514
930201	일반이용업	464

주 : 택시, 화물차, 전자상거래, 화장품외판 등 사업자 등의 경우에는 별도 사업장이 필요없으므로 사업장면적이 입력되어 있지 않을 수 있음.

이에 따라 같은 시 서초구 양재동 ◈◈◈◈오피스텔의 각 호를 임대하고 있는 간이과세자를 표본 점검한 결과, 총 33명의 사업자 중 위 건물 제○○○○호(면적 : 81.94㎡)를 임대한 ▣▣▣ 등 사업자 9명의 사업장면적이 입력되어 있지 않았고, 부동산 등기부를 통하여 위 9명의 임대면적을 확인한 결과 작게는 40.97㎡부터 크게는 81.94㎡에 달하고 있었으며, 위 지번의 2008. 1. 1. 기준 ㎡당 개별공시지가가 12,100,000원으로서 간이과세가 배제되는 면적기준인 62㎡ 이상을 임대한 자가 위 9명 중 3명이었다.

위와 같이 국세통합시스템에 사업장면적이 입력되어 있지 않아 위 사업자들이 간이과세 배제 대상인지 여부를 국세통합시스템에 의해 파악하기 어려운 실정이다.

(나) 사업장면적 오류 입력

국세통합시스템에 입력되어 있는 사업장면적이 5,000㎡ 이상으로 규모가 커 간이과세 적용이 어려울 것으로 판단되는데도 간이과세 적용을 받고 있는 사업자가 1,042명이고, 그 중 10,000㎡ 이상인 사업자도 547명에 달하고 있다.

서울특별시 강동구 길동 △△△-△△에 있는 건물 등을 표본 확인한 결과 위 건물의 경우 대지면적이 207.2㎡, 건물 연면적이 635.83㎡에 불과한데도 위 건물을 임대하고 있는 ♡♡♡의 경우 사업장면적을 365083.6428㎡로 입력하여 간이과세자로 관리하고 있고, 서울특별시 강북구 미아동 △△△-△△에 있는 건물의 경우 대지 면적이 165.3㎡, 건물 연면적이 356.92㎡에 불과한데도 위 장소에서 부동산중개업을 영위하는 ☆☆☆에 대하여 사업장면적을 1,200,005.4㎡로 입력하여 간이과세자로 관리하고 있는 등 사업장면적을 실제와 달리 부실하게 입력하여 관리함에 따라 사업장면적 자료를 신뢰하여 사업자관리를 하기가 어려운 실정이다.

< 조치할 사항 >

국세청장은

① 사업장면적이 간이과세 배제 여부를 판단하는 기준이 되는 업종의 경우 사업자등록시 사업장면적을 필수적으로 입력하도록 국세통합시스템을 개선하고,

② 사업장면적이 입력되어 있지 않거나 잘못 입력된 사업자에 대해서는 향후 이를 보완하는 방안을 강구하시기 바랍니다.(통보)

나. 세원관리 분야

□-나-(1). 공유수면매립용역 공급에 대한 부가가치세 미징수

공유수면매립용역을 공급한 자가 부가가치세를 납부하지 않고 있는데도 이에 대한 세원관리 소홀

국세청 관하 세무서에서 공유수면매립용역 공급자 등으로부터 부가가치세 신고를 받고 경정결정하는 등 세원관리 업무를 수행하고, 국세청에서 이를 지도 ․ 감독하고 있다.

｢부가가치세법｣ 제7조 제1항, 제13조 제1항 제2호 및 같은 법 시행령 제48조 제6항의 규정에 따르면 사업자가 ｢공유수면매립법｣에 의하여 매립용역을 제공하는 경우에는 용역의 공급으로 보아 ｢공유수면매립법｣에 의하여 산정한 당해 매립공사에 소요된 총사업비를 과세표준으로 하여 부가가치세를 신고ㆍ납부하도록 되어 있다.

사업자가 ｢공유수면매립법｣ 또는 ｢산업입지 및 개발에 관한 법률｣ 등에 의하여 공유수면의 매립면허를 받아 공유수면을 매립·준공한 후 그 대가로 매립지 일부의 소유권을 취득하는 경우에는 ｢부가가치세법｣ 제7조 제1항의 규정에 의한 용역의 공급에 해당하여 부가가치세가 과세됨(부가 46015-944, 2001. 6. 29. 서삼 46015-1-390, 2002. 3. 11. 외 다수 )

그런데 통영세무서에서는 경상남도 통영시에 있는 주식회사◇◇중공업(대표이사 ○○○ 외 1명)에서 2006. 4. 27. ｢산업입지 및 개발에 관한 법률｣에 따라 경상남도 통영시 ♤♤면 ★★★★산업단지 ○-○○ 전면 해상에 산업단지 실시계획 승인을 받아 부산지방국토관리청에 공유수면매립용역을 제공하고, 2007.  3.  27. 위 국토관리청으로부터 공유수면매립 준공인가를 받으면서 매립용역의 공급에 대한 대가로 전체 매립지 9,734㎡를 취득하였으므로 매립용역의 공급에 소요된 총사업비 7,456,119,300원(부가가치세 포함)에 대하여는 총사업비를 공급가액으로 하여 세금계산서를 교부하고 2007년 1기 예정신고시 부가가치세를 신고․납부하였어야 하는데도 이를 누락한 데 대해 그대로 두고 있는 등 [별표 2] “공유수면매립용역 공급에 대한 부가가치세 신고 누락 명세”와 같이 4개 사업자가 공유수면매립용역 공급에 대한 부가가치세 계  2,324,812,845원(가산세 751,061,188원 포함)을 신고․납부하지 않고 매입세액 불공제에 따른 부가가치세 계 420,757,988원을 과다 납부한 데 대해 아무런 조치를 하지 않고 있었다.

｢산업입지 및 개발에 관한 법률｣의 규정에 따라 실시계획 승인을 받은 경우 ｢공유수면매립법｣에 따라 매립면허를 받은 것으로 의제됨(｢산업입지 및 개발에 관한 법률｣ 제21조)

< 조치할 사항 >

국세청장은 통영세무서장 외 3개 세무서장으로 하여금 위 주식회사◇◇중공업 등 4개 사업자에 대하여 ｢부가가치세법｣ 제21조 제1항의 규정에 따라 부족 징수결정된 부가가치세 계 2,324,812,840원을 추가 징수결정하도록 하고 과다하게 징수결정된 부가가치세 계 420,757,980원을 환급결정하도록 조치하시기 바랍니다.(시정)

□-나-(2). 과세유형 전환자에 대한 부가가치세 미징수

일반과세자에서 간이과세자로 과세유형이 전환된 자가 매입세액을 공제받은 감가상각자산 등에 대하여 부가가치세를 납부하지 않은 데 대해 세원관리 소홀

국세청 관하 세무서에서 일반과세자에서 간이과세자로 과세유형이 전환된 사업자에 대한 부가가치세 징수업무를 수행하고, 국세청에서는 이를 지도․감독하고 있다.

｢부가가치세법 시행령｣ 제74조의4 제1항 및 제6항의 규정에 따르면 일반과세자가 간이과세자로 전환되는 경우에는 전환 당시 이미 매입세액 공제를 받은 감가상각자산 등을 신고하도록 되어 있고, 감가상각자산 등을 신고하지 않은 경우에는 재고금액을 조사하여 부가가치세를 결정․통지하도록 되어 있다.

따라서 위 관서에서는 일반과세자에서 간이과세자로 과세유형이 전환된 사업자가 과세유형 전환당시 이미 매입세액 공제(환급)를 받은 감가상각자산 등을 신고하지 않은 때에는 관하 세무서로 하여금 재고금액을 조사하여 부가가치세를 결정․통지하도록 지도․감독을 철저히 하여야 한다.

그런데도 위 관서에서는 과세유형 전환 시마다 ｢과세유형 전환업무 처리요령｣을 시달하면서 무신고 사업자에 대한 명단을 전산출력하거나 조사결과를 확인하는 등의 조치 없이 단순히 과세유형 전환업무 일정만 시달하는 등 위 업무에 대한 지도․감독을 제대로 하지 않고 있었다.

이에 따라 이번 감사시 2006. 1. 1.부터 2008. 1. 1. 사이에 일반과세자에서 간이과세자로 부가가치세 과세유형이 전환된 사업자 중 과세유형 전환당시 고정자산에 대하여 이미 20,000,000원 이상의 매입세액 공제(환급)를 받은 사업자를 대상으로 감가상각자산 등을 제대로 신고하였는지 여부를 확인하였다.

그 결과 남양주세무서에서는 경기도 남양주시에 있는 ◈◈◈◈◈◈마트(대표자 △△△)가 2006. 7. 1. 일반과세자에서 간이과세자로 과세유형이 전환되고도 2005. 3. 14. 매입세액 137,242,000원을 환급받은 감가상각자산을 신고하지 않았으나 재고금액을 조사하지 않은 채 부가가치세 135,778,170원(가산세 34,519,189원 포함)을 징수결정하지 않고 있는 등 [별표 3] “과세유형 전환자에 대한 부가가치세 미징수 명세”와 같이 남양주세무서 외 41개 세무서에서 위 ◈◈◈◈◈◈마트 외 78개 사업자가 2006. 1. 1.부터 2008. 1. 1. 사이에 일반과세자에서 간이과세자로 과세유형이 전환되고도 전환당시 이미 매입세액 공제를 받은 감가상각자산 등을 신고하지 않았으나 재고금액을 조사하지 않은 채 부가가치세 1,809,571,230원(가산세 348,564,697원 포함)을 징수결정하지 않고 있었다.

< 조치할 사항 >

국세청장은

① 남양주세무서장 외 41개 세무서장으로 하여금 일반과세자에서 간이과세자로 과세유형이 전환되고도 감가상각자산 등을 신고하지 않은 ◈◈◈◈◈◈마트 외 78개 사업자에 대하여 ｢부가가치세법 시행령｣ 제74조의4 제6항의 규정에 따라 재고금액을 조사하여 부가가치세 1,809,571,230원을 징수결정하도록 조치하고

② 앞으로 일반과세자에서 간이과세자로 과세유형이 전환되고도 감가상각자산 등을 신고하지 않은 사업자에 대하여 부가가치세 징수결정이 누락되는 일이 없도록 관하 세무서에 대한 지도․감독을 철저히 하시기 바랍니다.(시정)

□-나-(3). 사업용 건물 양도자에 대한 부가가치세 미징수

사업자가 사업용으로 사용하던 건물을 양도하고서도 부가가치세를 납부하지 않은 데 대해 세원관리 소홀

국세청에서 관하 세무서에서 사업용 건물 양도 관련 부가가치세 신고를 받고 경정결정하는 등 세원관리 업무를 수행하고, 국세청에서는 이를 지도 ․ 감독하고 있다.

｢부가가치세법｣ 제4조 제1항 및 제6조 제1항과 같은 법 시행령 제1조 제1항의 규정에 따르면 사업자가 사업에 제공하던 건물을 양도한 경우에는 재화의 공급으로 보아 사업장 관할 세무서에 부가가치세를 신고·납부하도록 되어 있다.

단, 사업장별(상법에 의하여 분할 또는 분할합병하는 경우에는 동일한 사업장 안에서 사업부문별로 양도하는 경우를 포함)로 그 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계(법인세법 제46조 제1항의 요건을 갖춘 분할의 경우와 양수자가 승계받은 사업 외에 새로운 사업의 종류를 추가하거나 사업의 종류를 변경한 경우를 포함)시키는 사업의 양도는 재화의 공급으로 보지 않음.(｢부가가치세법 시행령｣ 제17조 제2항)

이에 따라 이번 감사시 국세청에서 법원행정처로부터 수집한 부동산 양도 관련 자료 등을 활용하여 서울지방국세청 등 4개 지방국세청 관내에 사업장이 있는 사업자 중 2004. 1. 1.부터 2007. 12. 31. 사이에 과세사업에 사용하던 사업용 건물을 양도한 사업자에 대하여 부가가치세를 제대로 신고 ․ 납부했는지 여부와 관할 세무서에서 경정결정 업무 등을 제대로 수행하였는지 여부를 점검하였다.

그 결과  용산세무서에서는 서울특별시 서초구에 사는 임대사업자 ☆☆☆이 2007. 7. 5. 같은 시 용산구에 있는 건물(면적 : 1,290.73㎡)을 같은 시 용산구에  있는 학교법인 □□학원(대표자 ▽▽▽)에 1,542,473,915원에 양도한 데 대한 부가가치세 55,219,022원(가산세 8,944,805원 포함)을 신고 ·  납부하지 않고 있는데도 그대로 두고 있는 등 [별표 4] “사업용 건물 양도에 대한 부가가치세 신고누락 명세”와 같이 용산세무서 등 33개 세무서에서 사업자 57명이 사업용 건물을 양도한 데 따른 부가가치세 계 4,188,627,250원(가산세 1,335,332,016원 포함)을 신고 · 납부하지 않고 있는데도 그대로 두고 있었다.

< 조치할 사항 >

국세청장은 용산세무서장 외 32개 세무서장으로 하여금 위 ☆☆☆ 등 57명의 사업자에 대하여 부족 징수결정된 부가가치세 계 4,188,627,250원을 ｢부가가치세법｣ 제21조 제1항의 규정에 따라 추가 징수결정하도록 조치하시기 바랍니다.(시정)

□-나-(4). 재산 보유자에 대한 체납처분 미이행

체납․결손자가 보증보험 가입시 담보로 제공한 예금을 보증기간이 만료된 후에도 그대로 두고 있으나 이에 대한 압류 등 체납처분 미실시

국세청에서 ｢국세징수법｣ 제27조 및 ｢국세징수사무처리규정｣(2007. 6. 1. 국세청훈령 제1646호) 제127조 등의 규정에 따라 체납자의 재산을 점유하는 자에 대하여 질문 또는 검사를 하거나 금융기관의 장에게 체납․결손세액이 1,000만 원 이상인 체납․결손자의 예금을 일괄 조회하여 세무서장으로 하여금 체납처분에 활용하도록 통보하는 등 국세 체납․결손자에 대한 재산조사 업무를 하고 있다.

체납․결손자의 예금 재산을 조사하여 압류하는 등 체납처분을 하고자 할 때에는 해당 금융기관 뿐만 아니라 체납․결손자의 예금재산을 담보로 제공받아 관리하고 있는 기관에 대해서도 적극적으로 자료를 수집하여 체납처분 업무에 활용하여야 한다.

그런데 이번 감사시 서울특별시 종로구에 있는 ♠♠♠♠♠♠주식회사(대표이사 ○○○)가 주택하자보수보증 등 보증보험 계약을 체결하면서 계약자로부터 담보로 제공받은 예금내역 중 보험기간 및 보험금청구시효가 종료되었는데도 계약자에게 반환되지 않았거나, 보험기간 및 보험금청구시효가 종료되지 아니한 예금을 대상으로 체납․결손세액이 1천만 원 이상인 고액 체납․결손자의 예금명세를 추출하여 압류 등을 통한 체납 및 결손세액에 충당이 가능한지 여부를 확인하였다.

그 결과 종로세무서에서 1999. 5. 28. 서울특별시 종로구에 있는 체납자 ▣▣▣▣ 주식회사(결손세액 합계 41,710,830천 원)가 위 ♠♠♠♠♠♠주식회사와 보증보험 계약 체결시 액면금액 18,757,050원의 예금증서를 담보로 제공한 후 2002. 5. 27. 보험기간 및 보험금청구시효가 종료되었으나 담보로 제공하였던 위 예금증서를 찾아가지 않아 예금증서를 압류할 경우 동 금액만큼 체납․결손세액에 즉시 충당이 가능한데도 이러한 사실을 알지 못하여 체납․결손세액에 충당하지 못하고 있는 등 [별표 5] “보험기간 종료 예금담보에 대한 체납처분 미이행 명세”와 같이 위 종로세무서 등 97개 세무서에서 체납․결손자 788명(체납․결손세액 계 182,675,107,330원)이 예금증서(계 12,770,863,590원)를 담보로 제공한 후 보험기간 및 보험금청구시효가 종료되었으나 예금증서 등을 찾아가지 않아 그 중 10,439,540,350원은 압류 등을 통하여 체납․결손세액에 충당이 가능한데도 이를 그대로 두고 있었다.

또한, [별표 6] “보험기간 미종료 예금담보에 대한 압류 등 미이행 명세”와 같이 종로세무서 등 106개 세무서에서 체납․결손자 1,860명(체납․결손세액 계 333,814,329,890원)이 위 ♠♠♠♠♠♠주식회사와 보증보험계약을 체결하면서 담보로 제공한 예금증서(계 34,799,334,390원) 중 23,029,005,860원은 즉시 압류 등 조치를 한 후 향후 보험기간 및 보험금청구시효가 종료되고도 예금잔액이 남아있을 경우 체납처분 절차를 거쳐 체납․결손세액에 충당할 수 있는데도 이에 대한 아무런 조치를 하지 않고 있었다.

< 조치할 사항 >

국세청장은

① 종로세무서장 외 96개 세무서장으로 하여금 보험기간이 종료한 체납․결손자 788명의 예금증서(금액 : 12,770,863,590원)에 대하여 ｢국세징수법｣ 제24조 및 제86조의 규정에 따라 즉시 압류 등 체납처분하여 10,439,540,350원만큼 체납․결손세액에 충당하도록 하고

② 종로세무서장 외 105개 세무서장으로 하여금 보험기간이 종료되지 않은 체납․결손자 1,860명의 예금증서(금액 : 23,029,005,860원)에 대하여는 ｢국세징수법｣ 제24조 및 제86조의 규정에 따라 즉시 압류 등 조치하여 보험기간이 종료된 후 예금잔액이 남아 있을시 체납․결손세액에 충당하도록 조치하시기 바랍니다.(시정)

3		환급 및 세무조사 분야

가. 환급 분야

【 실태 】

우리나라 부가가치세제는 전단계세액공제법에 의하고 있으므로 각 과세기간마다 매입세액이 매출세액보다 큰 경우 환급이 발생하게 된다.

사업자는 일반적으로 예정신고 및 확정신고시 환급받을 세액을 신고하고, 세무서에서는 확정신고기한(1. 25.과 7. 25.) 경과 후 30일 이내에 적정 여부를 확인한 후 환급한다.

한편, 사업자가 수출 등으로 영세율이 적용되거나 사업설비를 신설․취득하는 등의 경우 매월 25일까지 환급 신고를 하면 신고 기한 경과 후 15일 이내에 환급하는 등 사업자의 자금부담을 덜어주기 위해 정책적으로 조기환급제도를 운영하고 있다.

[표 17] 조기환급과 일반환급 비교

구분	조기환급	일반환급
대상	영세율 및 고정자산매입으로 인하여 환급세액이 발생하는 경우	일반매입세액이 매출세액을 초과하여 환급세액이 발생하는 경우
신고기간	매월, 매2월 또는 예정․확정신고시	예정․확정신고시
환급시기	신고기한 경과 후 15일내	신고기한 경과 후 30일내 (예정신고 일반환급은 즉시 환급하지 않고 확정신고시 납부세액에서 공제)

환급 실적을 보면 2007년에 총 29조여 원을 환급해주었고, 그 중 25조여 원이 조기 환급되었다.

[표 18] 연도별 부가가치세 환급 실적

(단위 : 억 원)

연도	2003	2004	2005	2006	2007
환급금액	167,661	218,349	230,599	263,065	290,000

【 문제점 】

□-가-(1). 예정고지세액 등 이중납부세액 환급 부적정

사업자가 예정고지에 따라 납부한 세액 등을 확정신고시 공제하지 않는 등으로 과다 납부한 부가가치세를 환급해주지 않고 방치

국세청에서 구 ｢부가가치세 사무처리규정｣(2008. 3. 24. 국세청훈령 제1686호로 개정되기 전의 것) 제105조 제5항의 규정에 따라 부가가치세 확정신고서의 전산처리가 완료되면 납세자가 예정신고시 발생된 예정신고 미환급세액(또는 예정고지세액)을 확정신고시 신고하지 않은 경우에는 자료과다 ‘기납부세액 불부합자 명세서’를, 예정신고시 발생되지 않은 예정신고 미환급세액(또는 예정고지세액)을 확정신고시 신고한 경우에는 신고과다 ‘기납부세액 불부합자 명세서’를 세무서별로 전산출력하여 시달하고, 일선 세무서로 하여금 전산출력되어 시달된 ‘기납부세액 불부합자 명세서’에 대하여 경정결정 등 필요한 조치를 하도록 하고 있다.

조기환급이 아닌 일반환급의 경우 예정신고시에는 신고만 하고 확정신고에 따라 환급을 받기 때문에 확정신고시 예정신고 미환급세액을 신고하여야 환급받을 수 있음. 또한, 예정고지를 받은 자의 경우 확정신고시 1과세기간(6개월)에 대한 부가가치세를 신고하므로 예정고지세액을 공제하지 않으면 동 금액만큼 이중으로 신고․납부하게 됨.

자료과다 : 예정신고시 미환급세액(예정고지세액) > 확정신고시 신고한 예정신고 미환급세액(예정고지세액)

신고과다 : 예정신고시 미환급세액(예정고지세액) < 확정신고시 신고한 예정신고 미환급세액(예정고지세액)

(가) ‘기납부세액 불부합자 명세서’ 전산출력 방법 부적정

전산자료를 출력하여 일선 세무서에 시달할 때에는 불필요한 자료가 출력되어 자료를 처리하는 데 행정력이 낭비되는 일이 없도록 하여야 한다.

특히, ‘기납부세액 불부합자 명세서’를 전산출력할 때에 납세자가 예정신고시 발생된 예정신고 미환급세액이나 예정고지세액을 확정신고시 확정신고서 서식의 “예정고지세액” 기재란과 “예정신고 미환급세액” 기재란을 혼동하여 잘못 기재한 경우에는 실제 부가가치세를 과다 또는 과소 환급신고한 것이 아니므로 이를 제외하고 전산출력하는 방안을 마련하는 등으로 ‘기납부세액 불부합자 명세서’의 신뢰성을 제고하는 한편, 일선 세무서의 불필요한 조사에 따른 행정력 낭비를 방지하는 것이 바람직하다.

그런데 이번 감사기간 중 2006. 9. 1.부터 2008. 2. 28. 사이에 국세청에서 전산출력하여 일선 세무서로 시달한 2006년 1기부터 2007년 2기 사이의 ‘기납부세액 불부합자 명세서’ 중 11,482건에 대하여 확인한 결과, [표 19]와 같이 확인대상 중 31.8%에 해당하는 3,654건이 납세자가 부가가치세 확정신고를 하면서 “예정신고 미환급세액” 기재란과 “예정고지세액” 기재란을 혼동하여 잘못 기재한 것인데도 ‘기납부세액 불부합자 명세서’를 전산출력할 때에 이를 제외하지 않고 그대로 출력하여 부가가치세를 과다 또는 과소 환급신고하였는지 여부를 확인하도록 함으로써 일선 세무서에서 이를 확인하는 데 따른 행정력을 낭비하게 하고 있었다.

확인대상 : 전산출력하여 세무서에 시달한 ‘기납부세액 불부합자 명세서’ 중 2008. 9. 9. 현재까지 처리되지 않은 건으로서 ‘자료과다 불부합자’의 경우 불부합 금액 1,000,000원 이상인 10,551건, ‘신고과다 불부합자’의 경우 불부합 금액 10,000,000원 이상인 931건, 계 11,482건임.

[표 19] 기재 착오에 따른 오류발생 현황

(단위 : 건)

계			자료과다 불부합자			신고과다 불부합자
총계	오류기재	정상기재	소계	오류기재	정상기재	소계	오류기재	정상기재
11,482	3,654	7,828	10,551	3,257	7,294	931	397	534

(나) ‘기납부세액 불부합자 명세서’ 처리 사후관리 부적정

전산출력되어 시달된 ‘기납부세액 불부합자 명세서’에 대하여 일선 세무서에서 경정결정 등 필요한 조치를 하도록 되어 있으므로 국세청에서는 위 명세서의 처리기한을 설정하거나 처리결과를 제출하도록 하는 등의 사후관리 방안을 마련함으로써 일선 세무서에서 위 명세서를 시달받고도 경정결정 등 필요한 조치를 하지 아니한 채 그대로 두는 일이 없도록 하여야 한다.

그런데도 위 관서에서는 ‘기납부세액 불부합자 명세서’를 세무서별로 전산출력하여 단순히 시달만 할 뿐 그 이후에는 일선 세무서의 처리결과를 점검하는 등 사후관리를 전혀 하지 않고 있다.

이에 따라 이번 감사시 2006. 9. 1.부터 2008. 2. 28. 사이에 국세청에서 일선 세무서로 전산출력하여 시달한 2006년 1기부터 2007년 2기 사이의 ‘기납부세액 불부합자 명세서’를 전산출력 당시 조건과 동일하게 설정하여 전산발췌한 후 재확인한 결과 [표 20]과 같이 2008. 9. 9. 현재 ‘자료과다 불부합자’는 전체 199,159건 중 30.2%에 해당하는 60,237건이 처리되지 않고 있었고, ‘신고과다 불부합자’는 전체 51,121건 중 58.9%에 해당하는 30,124건이 처리되지 않고 있는 것으로 나타났다.

전산상으로 나타난 미처리 건수는 일선 세무서에서 ‘기납부세액 불부합자 명세서’를 처리하고도 처리내용을 전산입력하지 않은 경우도 있어 실제 미처리 건수와 상이함

[표 20] 기납부세액 불부합자 미처리 현황

(단위 : 건, %)

연도․기별	자료과다 불부합자				신고과다 불부합자
	소계(a)	기처리	미처리(b)		소계(c)	기처리	미처리(d)
				비율(b/a)				비율(d/c)
합 계	199,159	138,922	60,237	30.2	51,121	20,997	30,124	58.9
2006년 1기	44,945	32,610	12,335	27.4	11,573	4,715	6,858	59.2
2006년 2기	51,356	37,475	13,881	27.0	12,645	5,301	7,344	58.0
2007년 1기	52,889	35,981	16,908	31.9	13,518	5,624	7,894	58.4
2007년 2기	49,969	32,856	17,113	34.2	13,385	5,357	8,028	59.9

주 : 국세청에서는 ｢기납부세액 불부합자 명세서｣ 전산출력 내역을 보관하고 있지 않아 감사기간 중 다시 전산발췌함에 따라 위 자료에는 국세청 전산출력 이후의 ‘기한 후 신고자’ 등 전산자료 미출력자가 일부 포함되어 있음

① ‘자료과다 불부합자’의 경우

위 ‘자료과다 불부합자’ 미처리 사항 60,237건 가운데 불부합금액이 1,000,000원 이상 발생한 11,723건에 대하여 일선 세무서의 경정결정 등 처리실태를 확인한 결과, [표 21]과 같이 2008. 9. 9. 현재 11,723건 중 5,447건은 이미 처리되었으나 나머지 6,276건(53.5%)에 대하여는 경정결정 등 필요한 조치를 하지 않고 그대로 두고 있었다.

그런데 위 미처리 사항 6,276건에 대하여 조사한 결과, 종로세무서에서 서울특별시 종로구에 있는 ‘▷▷▷▷▷▷’(대표자 ○○○)이 2006년 1기 부가가치세 예정고지에 따라 납부한 3,172,720원을 확정신고시 예정고지세액으로 신고하지 않아 동 금액만큼 환급받지 못한 데 대해 2006. 9. 1. 국세청으로부터 ‘기납부세액 불부합자 명세서’ 전산출력 자료를 시달받고도 2년 이상 지난 2008. 9. 9. 현재까지도 위 업체에 부가가치세 3,172,720원을 환급결정하지 않고 있는 등 종로세무서 외 106개 세무서에서 위 ‘▷▷▷▷▷▷’ 외 5,913개 사업자가 예정고지세액(또는 예정신고 미환급세액)을 확정신고시 예정고지세액(또는 예정신고 미환급세액)으로 신고하지 않는 등으로 부가가치세 계 21,411,641,093원을 과소 환급(공제)받은 대하여 환급결정하지 않고 있었다.

[표 21] 자료과다 불부합 사항 조사결과

(단위 : 원, 건)

구 분		합계	환급(공제)대상		오류
			건수	금액
합 계	합 계	11,723	7,341	61,069,410,355	4,382
	기처리	5,447	1,427	39,657,769,262	4,020
	미처리	6,276	5,914	21,411,641,093	362
전산출력	합 계	10,551	6,260	57,178,258,772	4,291
	기처리	5,368	1,397	38,922,380,943	3,971
	미처리	5,183	4,863	18,255,877,829	320
전산미출력	합 계	1,172	1,081	3,891,151,583	91
	기처리	79	30	735,388,319	49
	미처리	1,093	1,051	3,155,763,264	42

주 : ‘오류’는 부가가치세 확정신고시 착오분임

② ‘신고과다 불부합자’의 경우

또한, 위 ‘신고과다 불부합자’ 미처리 사항 30,124건 가운데 불부합금액이 10,000,000원 이상 발생한 950건에 대하여 일선 세무서의 경정결정 등 처리실태를 확인한 결과, [표 22]와 같이 2008. 9. 9. 현재 950건 중 886건은 이미 처리되었으나 나머지 64건(6.7%)에 대하여는 경정결정 등 필요한 조치를 하지 않고 그대로 두고 있었다.

그런데 위 미처리 사항 64건에 대하여 조사한 결과, 종로세무서에서 서울특별시 종로구에 있는 사단법인 ☆☆☆☆☆☆☆☆본부가 2007년 2기 부가가치세 예정신고시 28,598,820원을 조기환급받고도 확정신고시 위 조기환급받은 28,598,820원을 예정신고 미환급세액으로 신고하여 이중환급받은 데 대해 2008. 2. 28. 국세청으로부터 ‘기납부세액 불부합자 명세서’ 전산출력 자료를 시달받고도 6개월 이상 지난 2008. 9. 9. 현재까지도 위 업체에 부가가치세 28,598,820원을 징수결정하지 않고 있는 등 종로세무서 외 31개 세무서에서 위 사단법인 ☆☆☆☆☆☆☆☆본부 외 46개 사업자가 조기환급 받은 세액을 확정신고시 예정신고 미환급세액(또는 예정고지세액)으로 신고하는 등으로 부가가치세 계 730,208,374원을 과다 환급(공제)받은 데 대하여 징수결정하지 않고 있었다.

[표 22] 신고과다 불부합 사항 조사결과

(단위 : 원, 건)

구 분		합계	징수대상		오류
			건수	금액
합 계	합 계	950	203	4,266,245,329	747
	기처리	886	156	3,536,036,955	730
	미처리	64	47	730,208,374	17
전산출력	합 계	931	195	4,131,472,674	736
	기처리	871	152	3,451,311,827	719
	미처리	60	43	680,160,847	17
전산미출력	합 계	19	8	134,772,655	11
	기처리	15	4	84,725,128	11
	미처리	4	4	50,047,527

주 : ‘오류’는 부가가치세 확정신고시 착오분임

< 조치할 사항 >

국세청장은

① ‘기납부세액 불부합자 명세서’를 전산출력할 때에 납세자가 부가가치세 확정신고서의 기재란을 혼동하여 잘못 기재한 경우에는 이를 제외하고 전산출력하는 방안을 마련하고

② ‘기납부세액 불부합자 명세서’에 대한 처리기한을 설정하고 처리결과를 제출받는 등 일선 세무서에서 위 명세서를 시달받고도 경정결정 등 필요한 조치를 하지 아니한 채 그대로 두는 일이 없도록 지도․감독을 철저히 하며

③ 종로세무서장 외 106개 세무서장으로 하여금 ｢부가가치세법｣ 제21조 제1항의 규정에 따라 부가가치세를 과소 환급(공제)받은 ‘▷▷▷▷▷▷’ 외 5,913개 사업자에게 부가가치세 계 21,411,641,090원을 환급하도록 하고, 종로세무서장 외 31개 세무서장으로 하여금 부가가치세를 과다 환급(공제)받은 사단법인 ☆☆☆☆☆☆☆☆본부 외 46개 사업자로부터 부가가치세 계 730,208,370원을 징수하도록 하는 방안을 마련하며

④ 감사기간 중 조사하지 않은 1,000,000원 미만의 자료과다 불부합자 48,514건과 10,000,000원 미만의 신고과다 불부합자 29,174건, 계 77,688건에 대해서는 일선 세무서장으로 하여금 적정 여부를 자체 확인한 후 경정결정 등 필요한 조치를 하도록 하는 방안을 마련하시기 바랍니다.(통보)

종로세무서장은

① 앞으로 부가가치세 기 환급 여부를 철저히 확인함으로써 부가가치세를 이중으로 환급하는 일이 없도록 하고

② 관련자에게는 주의를 촉구(다른 기관으로 옮긴 관련자에 대하여는 현 소속 기관장에게 주의를 촉구하도록 통보)하시기 바랍니다.(주의)

□-가-(2). 납부의무면제자의 납부세액 미환급

납부의무가 면제되는 사업자가 잘못 납부한 부가가치세를 환급해주지 않고 방치

국세청에서 관하 세무서로 하여금 ｢부가가치세법｣ 제29조 각 항의 규정에 따라 납부의무가 면제되는 사업자가 납부한 세액을 환급해주는 등의 업무를 처리하도록 하고 있다.

｢부가가치세법｣ 제29조 제1항과 제4항의 규정에 따르면 간이과세자로서 당해 과세기간의 공급대가가 1,200만 원 미만인 경우에는 납부의무를 면제하도록 되어 있고, 납부의무가 면제되는 사업자가 부가가치세를 자진납부한 사실이 확인되는 경우 관할 세무서장이 이를 환급해 주도록 되어 있다.

따라서 국세청에서는 납부의무면제자가 부가가치세를 납부했는지 여부를 정기적으로 확인하여 이를 해당 납세자에게 환급해주어야 했다.

그런데 이번 감사시 2006년 1기분부터 2008년 1기분까지 납부의무면제자가 납부한 부가가치세의 환급실태를 파악한 결과, 금정세무서에서 경상남도 양산시 에서 부동산임대업을 영위하는 ◎◎◎(사업자등록번호 : ***-**-*****)의 경우 2006년 2기의 총 공급대가가 10,970,000원으로서 부가가치세 납부의무가 면제되는데도 2007. 1. 24. 부가가치세 327,000원을 자진하여 신고․납부한 데 대해 2008. 10. 8. 현재까지 환급하지 않고 있는 등 위 금정세무서 외 104개 세무서에서 납부의무면제자 3,513명이 잘못 납부한 부가가치세 계 367,769,311원을 환급하지 않고 있다.

< 조치할 사항 >

국세청장은 위 납부의무면제자 3,513명이 납부한 부가가치세 367,769,310원에 대해서 환급의 적정 여부를 재검토한 후 ｢부가가치세법｣ 제29조 제4항의 규정에 따라 환급하는 방안을 강구하시기 바랍니다.(통보)

□-가-(3). 부가가치세 환급 업무 부당처리

환급 대상이 아닌 자에게 환급하거나, 이중으로 환급하는 등으로 국고 손실 초래

(가)-① 환급대상이 아닌 자에게 환급

역삼세무서에서 2006. 12. 26. 서울특별시 강남구에 있는 주식회사 ◉◉◉(대표이사 ♧♧♧)로부터 건물 매입에 따른 시설투자 매입세액을 환급해달라는 ‘부가가치세 영세율 등 조기환급 신고서’를 접수하여 이를 처리하였다.

위 관서에서는 위 업체의 세무대리인으로부터 제출받은 건물 매입대금 지급 관련 서류, 부동산등기부등본 등을 서면검토한 결과 위 건물(경기도 동두천시 소재)은 위 업체의 대표이사 ♧♧♧가 개인사업을 위해 개인 명의로 구입한 것으로서 위 업체와는 무관하므로 환급 대상이 아니라고 판단하였고, 2007. 1. 2. 의정부세무서로부터는 위 ♧♧♧가 개인사업자 등록이 되어 있는 의정부세무서에 위 건물 매입과 관련하여 부가가치세 환급 신고를 하였으므로 역삼세무서에서는 위 건물 매입 관련 부가가치세를 위 업체에 환급해서는 안된다는 내용의 통보를 받는 등 여러 경로를 통해 위 업체에 환급해서는 안된다는 사실을 파악하였다.

그런데도 위 업체를 일괄환급 대상에서 제외하지 않은 채 일괄환급 결정을 함에 따라 위 업체에서 2007. 1. 12. 168,000,000원을 부당하게 환급받게 되었다.

< 조치할 사항 >

노원세무서장은 부가가치세 환급 업무를 부당하게 처리한 ♤♤♤을 ｢국가공무원법｣ 제82조의 규정에 따라 징계처분하시기 바랍니다.(징계)

부가가치세 환급 업무를 부당하게 처리한 담당자의 현 소속 기관의 장에게 징계요구하는 것임.

역삼세무서장은

① 환급 대상이 아닌 자를 일괄 환급 대상에서 제외하지 않아 부가가치세가 잘못 환급되는 일이 없도록 하고

② 서대문세무서 ○○과로 옮긴 관련자 ★★★에 대하여는 주의를 촉구할 수 있도록 서대문세무서장에게 통보하시기 바랍니다.(주의)

(가)-② 환급대상이 아닌 자에게 환급

삼성세무서에서는 2007. 4. 25. 서울특별시 강남구에 있는 주식회사 ○○○○○○○○(대표이사 ▽▽▽)으로부터 시설투자 매입세액 등 267,695,718원을 환급해달라는 ‘부가가치세 영세율 등 조기환급 신고서’를 접수하여 이를 처리하였다.

위 관서의 환급 담당자는 위 신청 내용을 서면검토한 결과 위 업체가 대금을 지급하지도 않고 세금계산서를 교부받아 환급을 신청하는 등 부당환급 혐의가 있다고 판단하고 같은 해 5. 3. 위 업체를 현지확인 대상으로 분류하였으므로 구 ｢부가가치세 사무처리규정｣(2008. 3. 24. 국세청훈령 제1686호로 개정되기 전의 것) 제118조 등의 규정에 따라 위 업체를 일괄 환급 대상에서 제외하여야 했는데도 같은 날 위 업체를 포함하여 일괄 환급 결정을 하였고, 이후에도 환급금 지급 중단 등의 조치를 하지 않음에 따라 같은 달 9일 위 업체에 대한 환급금이 우체국으로 이체되었고, 위 업체는 같은 달 16일 환급금 260,000,000원을 부당하게 수령하게 되었다.

한편, 위 관서의 현지확인 담당자는 같은 달 9일 위 업체에서 환급신고한 금액 중 260,000,000원은 실제 시설투자를 하지 않고 환급을 신청한 것임을 확인하였는데도 환급금이 지급되지 않도록 조치를 하지 않음에 따라 위와 같이 환급금이 부당하게 지급되는 것을 막지 못하였다.

< 조치할 사항 >

삼성세무서장은

① 부가가치세 환급 업무를 부당하게 처리한 ◁◁◁ 외 1명을 ｢국가공무원법｣ 제82조의 규정에 따라 징계처분하고(징계)

② 부당환급 혐의자에 대한 현지확인 이후 바로 환급금 지급 중단 등의 조치를 하지 않은 관련자에게 주의를 촉구(다른 기관으로 옮긴 관련자에 대하여는 현 소속 기관장에게 주의를 촉구하도록 통보)하시기 바랍니다.(주의)

삼성세무서 건의 경우 부당하게 환급된 근본 원인이 세적담당자가 규정에 위배하여 일괄 환급 대상에서 제외하지 않은 데 있으므로 세적담당자에 대해서는 징계요구하고, 현지확인 담당자는 일괄 환급 대상에서 제외되지 않은 사실을 알게 된 이후 추가적인 조치를 적극적으로 하지 않은 데 대해 주의요구만 하는 것임.

(나) 이미 환급받은 자에게 다시 환급

중부세무서에서는 2008. 1. 24. 서울특별시 중구에 있는 주식회사 ♡♡♡♡♡♡♡♡♡♡ (대표이사 △△△)로부터 예정신고시 환급받지 못한 부가가치세 445,986,509원을 환급해달라는 2007년 2기 확정분 ‘부가가치세 일반환급신고서’를 접수하여 이를 처리하였다.

위 관서에서는 ｢2007년 제2기 부가가치세 확정 신고업무 추진계획｣(중부세무서 재산법인세과) 등에 따라 국세통합시스템을 통해 예정신고시 이미 위 업체에 환급한 사실이 있는지 여부를 확인하였다면 2007. 11. 8. 위 업체에 이미 위 사유로 위 금액만큼 환급한 사실을 쉽게 알 수 있었는데도 아무런 확인을 하지 않았다.

더구나 2008. 2. 13. 국세청 본청으로부터 위 업체의 이중환급 혐의 내용이 포함된 ‘일반환급자 이중환급 검토표’를 송부받고서도 아무런 확인을 하지 않은 채 같은 달 18일 위 업체에 대해 환급 결정을 함에 따라 위 업체는 위 금액만큼 부당하게 이중으로 환급(공제)받게 되었다.

< 조치할 사항 >

국세청장은 부가가치세 환급 업무를 부당하게 처리한 ▣▣▣ 외 2명을 ｢국가공무원법｣ 제82조의 규정에 따라 징계처분하시기 바랍니다.(징계)

5급 이상의 경우 국세청장이 징계권자이고, 위 관련자 모두 동일 사안과 관련되므로 국세청장에게 징계요구함.

□-가-(4). 결손세액 등의 소멸시효 관리 부적정

(가) 결손세액 등의 소멸시효 기산일 전산 입력 부적정

체납자에 대한 국세징수권 소멸시효 기산일을 잘못 전산 입력함에 따라 국세 체납액 111억여 원의 소멸시효가 완성되어 징수 대상이 아닌 것으로 관리

국세청 관하 세무서에서 결손처분된 체납액의 국세징수권 소멸시효 기산일을 국세통합시스템에 입력하여 소멸시효를 관리하고, 국세청에서는 이에 대하여 지도․감독하고 있다.

｢국세징수사무처리규정｣(2007. 6. 1. 국세청훈령 제1646호) 제134조 제1항 및 제2항의 규정에 따르면 체납액을 결손처분하는 경우에는 소멸시효 중단사유 및 정지사유에 유의하여 국세징수권 소멸시효의 기산일을 입력하도록 되어 있으며, 소멸시효 기산일이 변경되거나 오류 입력된 사실이 발견되어 정정할 필요성이 있는 경우에는 이를 정정하도록 되어 있다.

따라서 국세징수권에 대한 소멸시효의 기산일을 국세통합시스템에 입력할 때에 압류 등 소멸시효 중단사유 등을 전산 조회하여 기산일 입력에 신중을 기하고, 소멸시효 기산일이 오류 입력된 경우에는 소멸시효가 조기 완성되지 않도록 정정하는 등 결손처분된 체납액의 국세징수권 소멸시효 관리에 문제가 발생하지 않도록 관리를 철저히 하여야 했다.

그런데 이번 감사시 결손처분 금액 5천만 원 이상인 건을 대상으로 납부기한과 소멸시효 기산일을 비교하여 납부기한보다 소멸시효 기산일이 빠르게 입력되어 있는지 여부 등 각 세무서의 국세징수권 소멸시효 기산일 관리 실태를 확인하였다.

국세청에서 2008. 8. 4.부터 소멸시효 기산일은 독촉납부기한 또는 납부최고일보다 빠른 일자를 입력할 수 없도록 시스템을 보완 조치하였으나 그 이전에 잘못 입력한 사항을 조사하여 수정하지 않음.

그 결과 서대문세무서에서 서울특별시 서대문구에 사는 ◎◎◎에 대하여 2005. 3. 31.을 납부기한으로 양도소득세를 고지한 후 위 사람이 무납부함에 따라 관련 체납액 1,125,254,400원을 무재산을 사유로 2005. 4. 6. 결손처분하면서 소멸시효 기산일을 이전 체납액에 대한 압류일인 2001. 6. 15.로 잘못 전산 입력하여 정당한 소멸시효 완성일인 2010. 4. 20. 보다 3년 10개월이나 빠른 2006. 6. 14. 이미 소멸시효가 완성된 것으로 관리함으로써 위 체납세액이 체납처분 관리대상에서 원천적으로 제외되는 등 [별표 7] “소멸시효 부당관리 명세”와 같이 서대문세무서 외 45개 세무서에서 총 76명의 체납자에 대한 국세징수권  소멸시효 기산일을 잘못 입력하여 총 11,136,804,200원의 체납세액을 소멸시효가 완성되어 징수대상이 아닌 것으로 관리하고 있었다.

(나) 소멸시효 기산일 부당 입력으로 체납자에게 국세환급금 지급

체납세액의 소멸시효 기산일을 임의로 앞당겨 입력하여 소멸시효가 완성되도록 함에 따라 국세환급금이 체납자에게 지급되는 결과 초래

서초세무서에서 서울특별시 강남구에 있는 주식회사 □□□□□(대표이사 ○○○)의 체납세액 9건(62,302,160원)의 소멸시효 기산일 관리 등 체납 관련 업무를 수행하였다.

위 주식회사 □□□□□는 원칙적으로 역삼세무서 관할이지만, 서울특별시 서초구 서초동에 있던 주식회사 ▽▽▽▽▽(2001. 3. 31. 폐업)의 계속사업자이고 위 체납세액은 위 주식회사 ▽▽▽▽▽가 체납한 것이므로 서초세무서에서 체납관리 업무를 수행함.

체납자의 재산이 압류되면 소멸시효가 중단되므로 국세통합시스템에 체납세액의 소멸시효 기산일을 부당하게 입력하여 소멸시효가 완성되도록 해서는 안된다.

그런데도 위 관서에서는 위 업체의 금융재산을 압류하여 소멸시효가 중단되도록 하고서도 위 9건 중 5건의 체납세액 46,578,970원의 소멸시효 기산일을 2002. 12. 26. 등으로 부당하게 전산입력하여 2007. 12. 26. 이후 위 5건 체납세액의 소멸시효가 자동으로 완성되게 하였다.

이에 따라 위 업체에서 2008. 1. 25. 역삼세무서에 2007년 2기분 부가가치세 79,227,712원을 환급신고한 데 대해 위 부당하게 소멸시효가 완성된 체납세액 72,510,930원(위 5건의 체납세액 46,578,970원과 2008. 6. 30.까지의 가산금 25,931,960원의 합)에는 충당되지 못한 채 나머지 체납세액 27,019,700원에만 충당되고 53,586,490원이 환급되었다.

그 결과 위 환급된 53,586,490원만큼 조세채권을 회수하지 못하게 되었다.

< 조치할 사항 >

국세청장은

① 서대문세무서장 외 45개 세무서장으로 하여금 위 76명의 체납세액 11,183,383,170원의 소멸시효 기산일을 수정 입력하는 등으로 징수대상 체납세액으로 관리하도록 하고,

위 “가”항의 76명, 11,138,804,200원과 위 “나”항의 1명, 46,578,970원의 합

② 결손처분 금액 5천만 원 미만 건에 대하여도 소멸시효 기산일 입력 오류 여부를 자체 점검하도록 하며,

③ 앞으로 소멸시효가 완성되지 않은 체납세액을 소멸시효가 완성된 것으로 관리하는 사례가 발생하지 않도록 일선 세무서의 소멸시효 기산일 입력 및 관리 업무에 대한 지도․감독을 철저히 하시기 바랍니다.(시정)

동작세무서장은 소멸시효 기산일을 부당하게 입력하여 결손자에게 국세환급금이 지급되도록 한 ♡♡♡을 ｢국가공무원법｣ 제82조의 규정에 따라 징계처분하시기 바랍니다.(징계)

서초세무서에서 소멸시효 기산일을 부당하게 입력한 담당자 ♡♡♡은 현재 동작세무서에 근무중이므로 동작세무서장에게 징계요구함.

□-가-(5). 결손자에 대한 국세환급금 지급 업무 처리 부적정

결손자에게 국세환급금 지급시 전산시스템에서 자동적으로 결손세액에 충당되도록 하지 않고 서면으로 결손 취소한 후 충당처리를 하고 있어 행정력을 낭비하거나 일부는 결손자에게 국세환급금을 부당지급

(가) 국세환급금의 결손세액 충당절차 불합리

국세청 관하 세무서에서 결손세액이 있는 자에 대한 국세환급금 지급 및 충당업무를 수행하고, 국세청에서는 이에 대하여 지도․감독하고 있다.

｢국세기본법｣ 제51조 제2항 제2호, ｢국세징수사무처리규정｣(2007. 6. 1. 국세청훈령 제1646호) 제55조 제3항 및 제8항, 제133조 제2항의 규정에 따르면 세무서장은 국세환급금으로 결정한 금액은 체납된 국세 등에 충당한 후 잔액만을 환급하도록 되어 있다.

그리고 국세환급금 업무처리 과정을 보면 체납자에 대한 환급금은 전산에 의하여 자동적으로 체납세액에 우선 충당된 후 잔액만 환급되도록 하고 있다.

따라서 결손자에 대한 환급금 지급시에도 체납자에 대한 경우와 같이 전산에 의하여 자동적으로 결손취소 및 결손세액 충당 절차를 거친 후 잔액이 있는 경우에만 환급되도록 전산시스템을 운영함으로써 결손처분 취소 절차가 진행되는 과정에서 잘못 지급하는 사례를 사전에 예방하고 행정력 낭비를 줄일 필요가 있다.

그런데도 국세청에서는 결손자에 대한 환급금을 전산에 의하여 자동적으로 결손세액에 충당되도록 하지 않고 수동으로 결손처분 취소절차를 거친 후 결손세액에 충당하고 잔액을 환급하도록 하고 있어 불필요하게 행정력을 낭비하고 있고, 수동으로 처리하는 과정에서 결손세액에 충당되지 않은 채 환급금이 지급될 가능성도 있으며, 실제로 아래의 “(나)”항에서와 같이 결손자에게 환급금이 지급된 사례도 있다.

2007년에 결손자에게 국세환급금을 지급한 건수 및 금액은 43,290건, 1,272억여 원임.

(나) 국세결손자에 대한 환급금 지급 부적정

성북세무서 조사과에서 2007. 4. 17. 서울특별시 성북구에 있는 ◁◁◁◁주식회사(대표이사 ○○○)에 대하여 국세 12,169,300원을 결손처분한 후 같은 세무서 총무과에서 같은 달 25일 국세 17,939,210원을 환급하면서 위 결손세액 12,169,300원에 충당하지 않은 채 전액을 그대로 환급하는 등 [별표 8] “결손세액 미충당 환급 명세”와 같이 성북세무서 외 20개 세무서에서 결손세액이 있는 25명의 사업자에게 국세환급금 968,357,180원을 결손세액에 충당하지 않은 채 잘못 지급한 사실이 있다.

그 중 위 ◁◁◁◁주식회사 등 5명의 사업자에 지급된 환급금 80,454,620원 중 결손세액 합계액인 74,684,710원만큼은 2008. 10. 8. 현재까지 회수되지 못하고 있다.

< 조치할 사항 >

국세청장은 결손자에 대한 국세환급금 지급시에도 체납자에 대한 환급금 지급시와 같이 전산에 의하여 자동적으로 결손세액에 충당되는 절차를 거친 후 잔액이 있는 경우에만 환급할 수 있도록 전산시스템을 개선하여 운영하는 방안을 강구하시기 바랍니다.(통보)

성북세무서장 외 4개 세무서장은 국세환급금을 결손세액에 충당하지 아니한 채 국세 결손자에게 지급한 관련자에게 주의를 촉구(다른 기관으로 옮긴 관련자에 대하여는 현 소속 기관장에게 주의를 촉구하도록 통보)하시기 바랍니다.(주의)

결손자에게 환급금을 잘못 지급하고 현재까지 회수하지 못한 건의 관련자에 대해서만 주의요구함.

나. 세무조사 분야

【 실태 】

사업자는 재화 또는 용역을 공급하고 그에 대한 부가가치세를 거래 상대방으로부터 징수하면서 그 사실을 증명하기 위해 세금계산서를 교부하여야 한다.

세금계산서는 거래 증빙자료, 영수증 역할을 함과 동시에 모든 사업자가 세금계산서 수수 내역을 세무관서에 제출하도록 하여 근거과세․공평과세를 실현하는 데 크게 활용된다.

그러나, 사업자에게는 ① 매입의 경우 사실과 달리 장부상 매입을 늘려 비용을 과다하게 인정받아 법인세 또는 소득세를 포탈하거나 부가가치세 매입세액을 늘려 공제 또는 환급을 받아 부가가치세를 포탈하려는 등의 유인이 있고, ② 매출의 경우 증시 상장이나 금융기관 대출 등 목적으로 외형을 가공으로 확대하려는 유인이 있다.

이에 따라 실제 거래가 없는데도 불구하고 가공으로 세금계산서를 교부하고 수취하는 행위가 발생하고 있는데, 재화 또는 용역을 공급하지 않고 세금계산서 또는 계산서를 교부하거나 매출처별세금계산서합계표 또는 매출처별계산서합계표를 정부에 제출한 자를 통상 ‘자료상(資料商)’이라고 부른다.

자료상의 경우 부가가치세 수수 질서의 기본이 되는 세금계산서를 사실과 다르게 교부함으로써 부가가치세제 운영의 근간을 위협하게 되므로 ‘자료상’과 ‘자료상으로부터 사실과 다른 세금계산서를 수취한 자’에 대해 ｢부가가치세법｣ 제22조의 규정에 따라 위 세금계산서에 기재된 공급가액의 2% 상당 가산세를 부과하는 등 부가가치세를 추징하는 조치를 함과 아울러 ｢조세범처벌법｣ 제11조의2의 규정에 따라 가공 또는 허위세금계산서 교부, 세금계산서 미교부 등 세금계산서 관련 의무 위반 행위에 대하여 형사처벌을 하고 있다.

또한, ｢특정 범죄 가중 처벌 등에 관한 법률｣ 제8조의2에 영리의 목적으로 ｢조세범처벌법｣ 제11조의2 제4항 등의 죄를 범한 자로서 관련 금액이 50억 원 이상인 때에는 3년 이상의 유기징역에 처하면서 해당 공급가액에 부가가치세율을 적용하여 계산한 세액의 2배 이상 5배 이하의 벌금을 병과하도록 규정하는 등 강력하게 처벌하고 있다.

[표 23] 세금계산서 교부의무 등 위반에 대한 불이익

근거 법령	대상		불이익 내용
｢부가가치세법｣ 제22조	세금계산서 미교부, 가공세금계산서 교부 및 수취		공급가액의 2% 가산세
｢조세범처벌법｣ 제11조의2	세금계산서 미교부		1년 이하 징역	공급가액에 부가가치세율 적용한 세액의 2배 이하 벌금 병과
	가공세금계산서 교부 및 수취		3년 이하 징역
｢특정 범죄 가중 처벌 등에 관한 법률｣ 제8조의2	가공세금계산서 교부 및 수취	30억 원 이상	1년 이상 징역	공급가액에 부가가치세율 적용한 세액의 2배 이상 5배 이하 벌금 병과
		50억 원 이상	3년 이상 징역

국세청에서는 부가가치세제의 근간을 위협하는 주범인 자료상에 대해서 해마다 기획조사를 실시하며, 자료상 혐의가 드러나는 경우 수시로 조사를 실시하고 있다.

2007년에 자료상 관련하여 2,280건의 조사를 실시하여 1,702명을 ｢조세범처벌법｣ 위반 혐의로 고발하였다.

[표 24] 자료상 조사 및 고발 건수

(단위：건)

구분	합계		법인사업자		개인사업자
	조사건수	고발건수	조사건수	고발건수	조사건수	고발건수
2005년	5,488	3,725	2,896	1,957	2,592	1,768
2006년	2,256	1,836	1,263	1,042	993	794
2007년	2,280	1,702	1,404	1,053	876	649

자료 : 국세청

【 문제점 】

□-나-(1). 가공세금계산서 교부 및 수취자에 대한 조사결과 부당 처리

가공세금계산서 교부 및 수취자에 대해 조세범으로 고발하거나 통고처분하여야 하는데도 이를 누락하는 등 부당 처리

마포세무서에서 2007. 6. 20.부터 같은 해 7. 18.까지 서울특별시 마포구에 있는 주식회사 ◉◉◉◉(대표이사 ☆☆☆)에 대하여 법인제세 통합조사를 실시하고 위 업체가 가공세금계산서를 교부하거나 수취한 사실을 적발하여 그 결과를 처리하였다.

｢조세범처벌법｣ 제11조의2 제4항의 규정에 따르면 재화 또는 용역을 공급하지 아니하고 세금계산서(이하 “가공세금계산서”라 함)를 교부하거나 교부받은 경우 3년 이하의 징역 또는 그 세금계산서에 기재된 공급가액에 부가가치세율을 적용하여 계산한 세액의 2배 이하에 상당하는 벌금에 처하도록 되어 있다.

그런데 위 관서에서는 위 세무조사 결과 위 업체가 2005년 1기부터 2006년 2기 사이에 주식회사 ▷▷▷에 공급가액 1,153,600,000원 상당의 가공세금계산서를 교부하고, 주식회사 ○○○○○○○○○○○ 외 3개 업체로부터 공급가액 2,611,270,000원 상당의 가공세금계산서를 수취하는 등 계 3,764,870,000원 상당의 가공세금계산서를 교부 및 수취한 사실을 적발하였다.

따라서 ｢조세범처벌법｣ 제3조의 규정과 ｢벌과금상당액양정규정｣(2007. 3. 1. 국세청훈령 제1638호) 제4조의4 제3항 등의 규정에 따라 위 업체 및 범칙행위자(위 대표이사 ☆☆☆)를 고발조치하거나, 위 업체에 대하여는 가공세금계산서 교부 및 수취금액의 10%인 376,487,000원만큼, 범칙행위자에 대해서는 188,243,500원만큼을 벌금상당액으로 산정하여 각각 통고처분하는 등의 조치를 하여야 했다.

위 ☆☆☆은 범칙행위 당시 위 주식회사 ◉◉◉◉ 주식의 19%를 소유하고 있었으므로 과점주주가 아닌 행위자에 해당하여 ｢벌과금상당액양정규정｣ 제7조의 규정에 따라 소정 양정액 376,487,000원의 100분의 50을 감경 가능.

그런데도 위 관서에서는 가공세금계산서를 수취한 데 따른 매입세액을 불공제하는 등으로 단순히 부가가치세 222,000,000원을 추징하는 조치만 한 채 ｢조세범처벌법｣ 등의 규정에 따라 위 업체가 가공세금계산서를 교부 또는 수취한 행위에 대하여 고발하거나 벌금상당액을 산정하여 통고처분 하는 등의 조치를 하지 않았다.

그 결과 위 업체 및 범칙행위자는 3,764,870,000원 상당의 가공세금계산서를 교부 또는 수취하여 세금계산서 수수 질서를 어지럽히고도 단순히 매입세액 불공제에 따른 부가가치세만 경정결정 되었을 뿐, 고발되거나 564,730,500원 상당의 통고처분을 받지 않는 등 ｢조세범처벌법｣ 등에 따른 처벌을 전혀 받지 않았다.

< 조치할 사항 >

국세청장은 조세범칙자에 대한 고발 등의 조치를 누락한 △△△ 외 3명을 ｢국가공무원법｣ 제82조의 규정에 따라 징계처분하시기 바랍니다.(징계)

5급 이상의 경우 국세청장이 징계권자이고, 위 관련자 모두 동일 사안과 관련되므로 국세청장에게 징계요구함.

마포세무서장은 ｢조세범처벌법｣ 제11조의2 제4항 등의 규정에 따라 위 업체 및 범칙행위자에 대해 고발 또는 통고처분 등의 조치를 하시기 바랍니다.

(시정)

□-나-(2). 가공세금계산서 교부 및 수취자에 대한 벌금상당액 부당 산정 부과

가공세금계산서 교부 및 수취자에 대해 고의로 규정을 잘못 적용하여 벌금상당액을 적게 부과하는 등 부당 처리

수원세무서에서 2007. 4. 25.부터 같은 해 5. 28.까지 경기도 화성시에 있는 주식회사 ☆☆☆☆(대표이사 ○○○)에 대해 자료상혐의자 조사를 실시하였다.

｢조세범처벌법｣ 제11조의2 제4항 및 ｢벌과금상당액양정규정｣(2007. 3. 1. 국세청훈령 제1638호) 제4조의4의 규정에 따르면 재화나 용역의 공급없이 세금계산서를 교부하거나 교부받는 행위에 대하여는 세금계산서에 기재된 공급가액에 부가가치세의 세율을 적용하여 산출한 금액을 벌금상당액으로 하도록 되어 있다.

그런데 위 관서의 세무조사 결과 위 업체에서는 외형을 부풀릴 목적으로 2004년 2기부터 2005년 2기 사이에 공급가액 1,130,930,000원 상당의 가공세금계산서를 교부하고 공급가액 1,138,580,000원 상당의 가공세금계산서를 수취한 행위가 적발되었으므로 위 업체의 법인과 대표이사 각각에 대하여 벌금상당액 226,951,000원과 113,475,500원을 통고처분하여야 했다.

(1,130,930,000원+1,138,580,000원) × 10/100

위 ○○○은 범칙행위 당시 위 주식회사 ☆☆☆☆ 주식의 50%를 소유하고 있었으므로 과점주주가 아닌 행위자에 해당하여 ｢벌과금상당액양정규정｣ 제7조의 규정에 따라 소정 양정액 226,951,000원의 100분의 50을 감경 가능.

그러나 위 관서에서는 2007. 8. 16. 위 업체의 가공세금계산서 교부 및 수취행위에 대하여 ｢조세범처벌법｣ 제11조의2 제4항을 위반한 것으로 확정하고 ｢조세범처벌절차법｣ 제9조 제2항 및 제3항의 규정에 따라 고발하는 것으로 결정하였다가 같은 해 8월 중순경(날짜 모름) 위 업체의 대표이사 ○○○으로부터 고발 대신 통고처분을 해 달라는 요청을 받은 후 위 업체의 요청대로 해 줄 목적으로 같은 해 8. 21. 통고서를 (재)작성하면서 ｢조세범처벌법｣ 제11조의2 제4항을 적용할 경우 위 업체의 범칙행위에 비해 벌금상당액이 과다하게 양정된다는 사유로 위 업체에서 교부 및 수취한 가공세금계산서를 허위기재의 세금계산서로 보아 ｢조세범처벌법｣ 제11조의2 제1항과 제2항을 적용하여 통고처분하는 것으로 범칙행위에 대한 적용법령을 부당하게 변경하여 같은 해 8. 21. 위 법인과 대표이사에 대해 각각 벌금상당액 57,546,500원만을 통고처분하였다.

{1,130,930,000원×(10/100)×0.5} + 100만원

그 결과 위 업체와 범칙행위자에게 벌금상당액을 정당 금액보다 각각 169,404,500원과 55,929,000원 계 225,333,500원만큼 적게 납부하게 하거나 고발되지 않는 혜택을 주었다.

< 조치할 사항 >

국세청장은 벌금상당액을 부당하게 감면해준 ◇◇◇ 외 2명을 ｢국가공무원법｣ 제82조의 규정에 따라 징계처분하시기 바랍니다.(징계)

5급 이상의 경우 국세청장이 징계권자이고, 위 관련자 모두 동일 사안과 관련되므로 국세청장에게 징계요구함.

□-나-(3). 가공세금계산서 수취에 대한 벌금상당액 미부과

조세포탈과 가공세금계산서 교부 및 수취가 경합하는 경우 벌금상당액을 각각 양정하여 합산해야 하는데도 가공세금계산서 관련 벌금상당액 부과 누락

서울지방국세청에서 2007. 10. 1.부터 같은 해 11. 30.까지 서울특별시 강서구 에 있는 ◈◈◈◈◈◈◈◈◈(대표자 ♡♡♡)에 대하여 자료상조사를 실시하여 포탈세액 등을 추징하고 2008. 1. 4. 벌금상당액을 납부하도록 통고처분하였다.

｢조세범처벌법｣ 제9조, 제11조의2 제4항과 ｢벌과금상당액양정규정｣(2007. 3. 1. 국세청훈령 제1638호) 제4조의4 제3항과 제8조 제1항의 규정에 따르면 ｢조세범처벌법｣을 위반한 조세범칙행위자에 대하여 벌금상당액을 납부하도록 통고할 때에는 사기 기타 부정한 행위로서 부가가치세나 법인세 등 국세를 포탈하거나 환급․공제받은 경우 포탈세액 및 환급․공제받은 세액을 벌금상당액으로 산정하도록 되어 있고, 재화 또는 용역을 공급하지 아니하고 세금계산서(이하 “가공세금계산서”라 한다)를 교부하거나 교부받은 경우 그 세금계산서에 기재된 공급가액에 부가가치세율을 적용하여 계산한 금액만큼 벌금상당액으로 산정하도록 되어 있으며, 조세포탈과 세금계산서 교부의무 위반 등이 경합하는 경우 벌금상당액을 각각 양정하여 합산하도록 되어 있다.

그런데 위 관서에서는 위 세무조사 결과 위 사업자가 2005년 2기부터 2006년 2기 사이에 ☆☆☆☆☆ 등의 업체에 공급가액 계 684,448,104원 상당의 가공세금계산서를 교부하고, 2005년 1기부터 2006년 2기 사이에 ◉◉◉◉주식회사 등의 업체로부터 공급가액 계 1,174,928,863원 상당의 가공세금계산서를 교부받아 부가가치세 매입세액을 부당하게 공제받는 등의 방법으로 부가가치세 등 계 279,721,393원을 포탈한 사실을 적발하였다.

따라서 위 사업자에게 벌금상당액을 납부하도록 통고할 때에는 포탈한 세액에 대한 벌금상당액 279,721,393원 외에 교부하거나 교부받은 가공세금계산서의 공급가액에 부가가치세율 10%를 적용하여 산출한 금액인 185,937,690원(☆☆☆☆☆ 등 관련 벌금상당액 68,444,810원과 ◉◉◉◉주식회사 등 관련 벌금상당액 117,492,880원의 합)만큼을 추가 합산하여 벌금상당액을 산정하여야 했다.

그런데도 위 관서에서는 가공세금계산서를 교부받은 데 대한 벌금상당액 117,492,880원을 제외한 채 부가가치세 등 포탈세액에 대한 벌금상당액 279,721,393원에 가공세금계산서를 교부한 데 대한 벌금상당액 68,444,810원만을 합산한 계 348,166,203원으로 벌금상당액을 산정하여 2008. 1. 4. 위 사업자에게 통고처분하였고, 위 사업자는 같은 해 1. 14. 위 금액만큼 납부하였다.

그 결과 위 사업자는 정당한 벌금상당액인 계 465,659,083원보다 117,492,880원만큼 적은 348,166,203원만 납부하게 되었다.

< 조치할 사항 >

서울지방국세청장은

① 앞으로 가공세금계산서 수취에 대한 벌금상당액을 합산하지 않은 채 통고처분하는 일이 없도록 하고,

② 업무를 소홀히 처리한 관련자에게는 주의를 촉구(다른 기관으로 옮긴 관련자에 대하여는 현 소속 기관장에게 주의를 촉구하도록 통보)하시기 바랍니다.(주의)

□-나-(4). 수정신고에 따른 감면규정 미적용으로 벌금상당액 과다 부과

가공세금계산서 교부 및 수취 관련 내용을 수정신고했는데도 벌금상당액을 전액 감면하지 않는 등으로 과다 부과

동작세무서에서 2007. 12. 20.부터 같은 해 12. 27.까지 서울특별시 동작구 에 있는 주식회사 ♧♧♧♧(대표이사 ▽▽▽)에 대한 자료상혐의자 조사를 실시하고 ｢조세범처벌절차법｣ 제9조 제1항의 규정에 따라 통고처분하였다.

｢조세범처벌법｣ 제11조의2 제4항과 ｢벌과금상당액양정규정｣(2007. 3. 1. 국세청훈령 제1638호, 이하 “신 규정”이라 한다) 제4조의4 제3항의 규정에 따르면 재화 또는 용역을 공급하지 아니하고 세금계산서를 교부하거나 교부받은 행위에 대하여는 세금계산서에 기재된 공급가액에 부가가치세의 세율을 적용하여 산출한 금액을 벌금상당액으로 하도록 되어 있으며, 신 규정 부칙 제2항의 규정에 따르면 제7조 제1항, 제2항 및 제6항의 개정규정은 2007. 9. 1. 이후 수정신고하는 분부터 적용하도록 되어 있고, 구 ｢벌과금상당액양정규정｣(2007. 3. 1. 국세청훈령 제1638호로 개정되기 전의 것, 이하 “구 규정”이라 한다) 제7조 제1항의 규정에 따르면 ｢국세기본법｣에 의한 수정신고 기한내에 수정신고한 때에는 그 벌금상당액을 면제하도록 되어 있다.

그리고 위 세무서에서는 위 업체에 대한 조사결과 2003년 2기와 2004년 1기에 주식회사 ♤♤♤♤♤♤♤♤에 가공세금계산서(공급가액 1,195백만 원)를 교부하고 주식회사 ◇◇◇◇◇◇과 주식회사 ▣▣▣로부터 가공세금계산서(공급가액 1,195백만 원)를 수취한 사실을 적발하였다.

한편 위 업체는 위 자료상혐의자 조사가 시작되기 전인 2007. 6. 4. 2003년 2기분과 2004년 1기분에 대한 당초 부가가치세 신고금액인 매출액 3,571백만 원과 매입액 2,693백만 원에서 각각 위 가공세금계산서 교부 및 수취금액 1,195백만 원을 차감하는 내용의 수정신고를 하였으므로 신 규정 부칙 제2조의 규정에 따라 구 규정 제7조 제1항의 규정을 적용하여 벌금상당액을 전액 감면하여야 했다.

그런데도 위 세무서에서는 신 규정 제7조 제2항을 잘못 적용하여 벌금상당액을 119,500,000원(50% 감면)으로 양정한 후 같은 해 12. 26. 위 법인에 통고처분하였다.

그 결과 위 법인에서는 같은 해 12. 28. 위 금액만큼을 과다하게 납부함으로써 불필요하게 경제적 부담을 지게 되었다.

< 조치할 사항 >

동작세무서장은

① 앞으로 벌금상당액을 잘못 양정하여 과다하게 통고처분하는 일이 없도록 하고,

② 통고처분 업무를 소홀히 처리한 관련자에게는 주의를 촉구(다른 기관으로 옮긴 관련자에 대하여는 현 소속 기관장에게 주의를 촉구하도록 통보)하시기 바랍니다.(주의)

□-나-(5). 범칙행위자 또는 법인에 대한 통고처분 미이행

｢조세범처벌법｣에 따라 조세 범칙행위자와 법인을 양벌하여야 하는데도 한 쪽에 대해서만 통고처분하고 다른 한 쪽에 대해서는 통고처분 누락

서울지방국세청과 마포세무서 외 3개 세무서에서 자료상혐의자 등에 대한 세무조사를 실시한 후 ｢조세범처벌절차법｣ 제9조 제1항의 규정에 따라 세금계산서범에 대한 통고처분을 하였다.

｢조세범처벌법｣ 제3조의 규정에 따르면 법인의 대표자나 사용인 등이 그 법인의 업무에 관하여 범칙행위를 한 때에는 행위자를 벌하는 외에 그 법인에 대하여서도 벌금형에 처하도록 되어 있으므로 법인에 대한 세무조사시 범칙행위를 적발하여 ｢조세범처벌절차법｣ 제9조 제1항의 규정에 따라 통고처분할 때에는 법인과 범칙행위자 각각에 대해서 통고처분을 하여야 했다.

그런데 마포세무서에서 2007. 1. 3.부터 같은 해 2. 28.까지 서울특별시 마포구 에 있는 주식회사 ○○○○○○○○(대표이사 ♠♠♠)에 대해 자료상혐의자 조사를 실시하여 위 업체가 2005년 2기에 주식회사 ♣♣♣♣♣♣♣과 ☆☆☆☆☆로부터 각각 가공세금계산서(공급가액 1,000,000,000원 및 100,000,000원)를 수취한 사실을 적발하여 2007. 4. 1. 법인에 대해서는 벌금상당액 110,000,000원을 납부할 것을 통고처분하였으나 범칙행위자인 ♠♠♠에 대해서는 같은 금액만큼의 통고처분을 누락하는 등 [별표 9] “범칙행위자 또는 법인에 대한 통고처분 누락 명세”와 같이 서울지방국세청과 4개 세무서에서 9개 업체에 대한 조사를 실시한 후 법인 또는 범칙행위자 한쪽에 대해서만 통고처분하고 다른 한쪽에 대해서는 통고처분을 누락하였다.

그 결과 7명의 범칙행위자와 2개 법인에 대해 벌금상당액 계 762백만여 원을 적게 납부하거나 고발되지 않도록 하는 혜택을 주었다.

< 조치할 사항 >

서울지방국세청장, 마포세무서장 외 3개 세무서장은

① 통고처분이 누락된 1개 법인 및 6명의 범칙행위자에 대해 ｢조세범처벌절차법｣ 제9조 제1항의 규정에 따라 추가로 통고처분 등의 조치를 하고

(주)▽▽▽▽과 △△△건설(주)의 경우 가공세금계산서 교부 및 수취가 ’02. 2기와 ’03. 1기에 각각 이루어진 것으로서 관련 세금계산서합계표 제출일인 2003. 1. 25.과 2003. 7. 25.로부터 2008. 10. 8. 현재까지 모두 5년이 경과하여 공소시효가 완성되었으므로 통고처분 대상에서 제외함.

② 통고처분 업무를 소홀히 처리한 관련자에게는 주의를 촉구(다른 기관으로 옮긴 관련자에 대하여는 현 소속 기관장에게 주의를 촉구하도록 통보)하시기 바랍니다.(시정)

□-나-(6). 통고처분 미이행자에 대한 고발 조치 미이행

통고처분에 따른 벌금상당액을 납부하지 않은 자에 대해서 고발조치 미이행

시흥세무서에서 2006. 2. 6.부터 같은 해 4. 30.까지 경기도 시흥시에 있는 □□(대표자 ◁◁◁)에 대한 부가가치세 조사를 실시하고 ｢조세범처벌절차법｣ 제9조 제1항의 규정에 따라 통고처분한 후 이를 사후관리하고 있다.

｢조세범처벌절차법｣ 제12조 제1항 및 ｢조사사무처리규정｣(2006. 2. 20. 국세청훈령 제1606호) 제112조 제1항의 규정에 따르면 범칙자가 통고처분을 받은 날로부터 15일 이내에 통고처분내용대로 이행하지 아니할 때에는 통고처분 관서장은 지체없이 고발하도록 되어 있으므로 위 대표자가 통고처분 내용대로 이행하지 않을 경우에는 고발하여야 했다.

그리고 위 세무서에서는 위 업체에 대한 조사결과 2005년 1기에 ◇◇주식회사와 ◎◎◎◎◎◎주식회사에 가공세금계산서(공급가액 726,903천 원)를 교부한 사실을 적발하여 2006. 4. 24. 위 대표자에게 36,345,000원의 벌금상당액을 통고처분하면서 대표자의 요청으로 3회에 걸쳐 분납[1회분 16,000,000원(2006. 5. 10. 납기), 2회분 10,000,000원(2006. 6. 13. 납기), 3회분 10,345,000원(2006. 7. 13. 납기)]할 수 있도록 납부서 3매를 발부하여 주었다.

그런데 위 대표자가 분납 1회분과 3회분의 벌금상당액 16,000,000원과 10,345,000원을 각각 2006. 5. 10.과 같은 해 7. 13. 납부하고 2회분 10,000,000원에 대해서는 감사일인 2008. 9. 29.까지 납부하지 않고 있는데도 위 대표자에 대하여 고발 등의 조치를 하지 않은 채 그대로 두고 있었다.

< 조치할 사항 >

시흥세무서장은

① 위 대표자에게 미납된 10,000,000원을 추가로 납부할 수 있는 기회를 주고 그 기한 내에 납부하지 않을 경우 ｢조세범처벌절차법｣ 제12조 제1항의 규정에 따라 고발하도록 하며,

② 통고처분에 대한 사후관리 업무를 소홀히 처리한 관련자에게는 주의를 촉구(다른 기관으로 옮긴 관련자에 대하여는 현 소속 기관장에게 주의를 촉구하도록 통보)하시기 바랍니다.(시정)

【별표 1】차감 형식으로 지급된 대가에 대한 영세율 적용실태

※ 관련 자료는 개인 신상과 관련되어 공개하지 않음.

【별표 2】공유수면매립용역 공급에 대한 부가가치세 신고누락 명세

※ 관련 자료는 개인 신상과 관련되어 공개하지 않음.

【별표 3】과세유형 전환자에 대한 부가가치세 미징수 명세

※ 관련 자료는 개인 신상과 관련되어 공개하지 않음.

【별표 4】사업용 건물양도에 대한 부가가치세 신고누락 명세

※ 관련 자료는 개인 신상과 관련되어 공개하지 않음.

【별표 5】보험기간 종료 예금담보에 대한 체납처분 미이행 명세

※ 관련 자료는 개인 신상과 관련되어 공개하지 않음.

【별표 6】보험기간 미종료 예금담보에 대한 압류 등 미이행 명세

※ 관련 자료는 개인 신상과 관련되어 공개하지 않음.

【별표 7】소멸시효 부당관리 명세

※ 관련 자료는 개인 신상과 관련되어 공개하지 않음.

【별표 8】결손세액 미충당 환급 명세

※ 관련 자료는 개인 신상과 관련되어 공개하지 않음.

【별표 9】범칙행위자 또는 법인에 대한 통고처분 누락 명세

※ 관련 자료는 개인 신상과 관련되어 공개하지 않음.